<div dir="ltr">You can do stuff like this, which isn't meant to read the image:<br><div><br>int readImageInfo(std::string filename, itk::ImageIOBase::IOComponentType *ComponentType, int *dim)<br>{<br>  itk::ImageIOBase::Pointer imageIO = itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(filename.c_str(), itk::ImageIOFactory::ReadMode);<br>  if (imageIO.IsNull())<br>    return 0;<br><br><br>  imageIO->SetFileName(filename.c_str());<br>  imageIO->ReadImageInformation();<br><br>  *ComponentType = imageIO->GetComponentType();<br>  *dim = imageIO->GetNumberOfDimensions();<br>  return(1);<br>}<br></div><div><br></div><div>I think you'll need to look at the streaming examples to extract slices, and that will probably depend on the reader supporting streaming.<br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 12, 2017 at 2:44 PM, Gib Bogle <span dir="ltr"><<a href="mailto:g.bogle@auckland.ac.nz" target="_blank">g.bogle@auckland.ac.nz</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hello,</p>
<p><br>
</p>
<p>I am wanting to work with a 50 GB LSM file (3D).  The first step is to be able to get the image info: width, height and depth.  I have code that works on a small LSM file</p>
<p><br>
</p>
<p>    im_u16 = reader->GetOutput();<br>
    width = im_u16-><wbr>GetLargestPossibleRegion().<wbr>GetSize()[0];<br>
    height = im_u16-><wbr>GetLargestPossibleRegion().<wbr>GetSize()[1];<br>
    depth = im_u16-><wbr>GetLargestPossibleRegion().<wbr>GetSize()[2];<br>
</p>
<p><br>
</p>
<p>but I see that to do this the whole image must be loaded into memory.  When I start the program running with the big file I can see that it is going to exceed the host machine's 32 GB.  Is there a way to get the image dimensions without loading the whole
 image?  What I am hoping to do is split the file into 2D TIFF files - is there any way to extract a 2D slice without reading the whole image?  Or will I be forced to run on a  machine with more than 50 GB of RAM?</p>
<p><br>
</p>
<p>Thanks in advance for any suggestions.</p>
<p><br>
</p>
<p>Best regards</p><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<p>Gib<br>
</p>
</font></span></div>

<br>The ITK community is transitioning from this mailing list to <a href="http://discourse.itk.org" rel="noreferrer" target="_blank">discourse.itk.org</a>. Please join us there!<br>
______________________________<wbr>__<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_<wbr>FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>