<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><br><div dir="ltr"><div><br></div>Hi all.<div><br clear="all"><div>I have been trying to use the GeodesicActiveContourLevelSetImageFilter to extract the surface of an object in an image.</div><div><br></div><div>I have managed to use this in 2D and works fine, my problem comes when I try to use it in 3D images.</div><div><br></div><div>If I put the propagation, curvature and advection scaling in 0 I have an output from the geodesicActiveContourFilter pretty similar to the input image, but if I change the scaling factors even just a little I get an empty image as an output i.e. all pixels have the same value.</div><div><br></div><div><div>typedef itk::GeodesicActiveContourLevelSetImageFilter<FloatVolumeType,FloatVolumeType> GeodesicActiveContourFilterType;</div><div>GeodesicActiveContourFilterType::Pointer geodesicActiveContour = GeodesicActiveContourFilterType::New();</div></div><div><br></div><div><div>geodesicActiveContour->SetPropagationScaling(0.1);</div><div>geodesicActiveContour->SetCurvatureScaling(1.0);</div><div>geodesicActiveContour->SetAdvectionScaling(0.1);</div><div>geodesicActiveContour->SetIsoSurfaceValue(255);</div><div>geodesicActiveContour->SetMaximumRMSError(0.02);</div><div>geodesicActiveContour->SetNumberOfIterations(100);</div><div>geodesicActiveContour->SetFeatureImage(surfaceFilter->GetOutput());</div><div>geodesicActiveContour->SetInput(segFilter->GetOutput());</div><div>geodesicActiveContour->Update();</div></div><div><br></div><div>The feature image comes from a surfaceFilter that is some preprocessing with a sobelEdgeDetectionImageFilter, the input data comes from the segFilter that gives an image with an segmentation of the object, where the object pixels have 255 value and the background has 0 value.</div><div><br></div><div>but as I said if I put the scaling factor as 0</div><div><br></div><div><div>geodesicActiveContour->SetPropagationScaling(0.0);</div><div>geodesicActiveContour->SetCurvatureScaling(0.0);</div><div>geodesicActiveContour->SetAdvectionScaling(0.0);</div></div><div><br></div><div>The output image does have different values around the object surface.</div><div><br></div><div>Can any one help me with these?</div><div>Thanks</div><div> </div>-- <br>Fabián Torres Robles<br>Maestria en Ciencias en Ingeniería Electrónica<br>Ingeniería en Sistemas Electrónicos<br>tel. 58081280, 0445534661338<br>e-mail <a href="mailto:fabian.trobles@gmail.com" target="_blank">fabian.trobles@gmail.com</a>, <a href="mailto:dae.wong@gmail.com" target="_blank">dae.wong@gmail.com</a>  <div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%"></div><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%"></div>
</div></div>
<br></div><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%"></div>
</div>