<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">

<html><head>

    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

    <meta name="generator" content="Osso Notes">

    <title></title></head>

<body>

We would be happy to host all the data on MIDAS.

julien.

<br>----- Original message -----

> That sound wonderful!

<br>>

<br>> Also, experience tell me that having sample images from multiple scanners

<br>> (different ages or versions) from multiple vendors is useful.  Even though

<br>> everyone uses the DICOM standard, sometimes people utilize different

<br>> combinations of features from the standard.  (This is a nice way of saying not

<br>> everyone interprets the standard in compatible fashions.)  So having lots of

<br>> variations is helpful in ferreting out potential problems during testing.  Does

<br>> anyone have such a collection?  If not, I can ask Steve Moore when he gets back

> if some of the data collected during the IHE Connectathons could be used.

<br>>

<br>>

<br>>

<br>> -----Original Message-----

<br>> From: <a href="mailto:ctk-developers-bounces@commontk.org">ctk-developers-bounces@commontk.org</a>

<br>> [<a href="mailto:ctk-developers-bounces@commontk.org">mailto:ctk-developers-bounces@commontk.org</a>] On Behalf Of Bill Lorensen Sent:

<br>> Monday, April 12, 2010 10:20 AM To: Steve Pieper

<br>> Cc: <a href="mailto:ctk-developers@commontk.org">ctk-developers@commontk.org</a>

<br>> Subject: Re: [Ctk-developers] CTK Dashboard: A DICOM data collection for testing

<br>> ?

<br>>

<br>> Folks,

<br>>

<br>> I have a set of 6 dicom series that scan the same phantom in six

<br>> different directions. I'll be happy to contribute these. They were

> created a few years ago at GE Research as part of our NA-MIC work.

<br>> They are useful to see if your code properly handles the direction

> cosines contained in the dicom header.

<br>>

<br>> Bill

<br>>

<br>> On Mon, Apr 12, 2010 at 10:30 AM, Steve Pieper <<a href="mailto:pieper@bwh.harvard.edu">pieper@bwh.harvard.edu</a>> wrote:

<br>> >

<br>> > Hi Luis -

<br>> >

<br>> > Here are some sharable example dicom files that we have been using to test

<br>> > the indexer:

<br>> >

<br>> > <a href="http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/File:Dicom-database-examples-2010-03-09.zip">http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/File:Dicom-database-examples-2010-03-09.zip</a>

<br>> >

<br>> > (note this also includes some non-dicom files - but this is good for

<br>> > testing!).

<br>> >

<br>> > It would be great for ctest to automatically grab these files from a URL and

<br>> > put them in a local cache for testing purposes.  We could either use the

> > existing wiki URL or move them to midas...

<br>> >

<br>> > -Steve

<br>> >

<br>> >

<br>> >

<br>> > p.s.

<br>> > There's some discussion of the indexer here for background:

<br>> >

<br>> > <a href="http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/DICOM:Database">http://www.slicer.org/slicerWiki/index.php/DICOM:Database</a>

<br>> >

<br>> >

> > p.p.s. thanks, Luis, for being the voice of code quality!

<br>> >

<br>> >

<br>> >

<br>> > On Apr/9/10 10:45 AM, Luis Ibanez wrote:

<br>> > >

<br>> > > Hi Marco,

<br>> > >

<br>> > >

> > > Thanks for taking on the task of improving code quality.

<br>> > >

<br>> > >

<br>> > > Here are a couple of ideas:

<br>> > >

<br>> > > 1) In IGSTK we included a couple of DICOM files in the

<br>> > >        source code repository itself in order to provide testing

> > >        of basic functionalities.  This is  OK for "Unit-Testing".

<br>> > >        (and has to be limited to a couple of slices, since you

<br>> > >        don't want a source code repository to carry more than

<br>> > >        10% of data.

<br>> > >

<br>> > >        This simple data, however, insufficient for "Acceptance-Tests"

<br>> > >        (that is, tests that verify the code under realistic conditions

> > >        from the point of view of a final user).

<br>> > >

<br>> > > so

<br>> > >

<br>> > > 2) We could host a set of realistic DICOM series in the MIDAS

<br>> > >        server, and setup CMake to download them into testing

<br>> > >        machines as part of the superbuild. It will be important to

<br>> > >        include in that collection, a set of "bad" datasets that exercise

<br>> > >        error conditions in the code.

<br>> > >

<br>> > >        That is, we want to include DICOM images that are not compliant,

> > >        and we want to verify that the code rejects them accordingly.

<br>> > >

<br>> > >

<br>> > >

> > > Does DMTK has a data-testing collection that we could use ?

<br>> > >

<br>> > > and if so, it is redistributable ?

<br>> > >

<br>> > >

<br>> > >

<br>> > >        Luis

<br>> > >

<br>> > >

<br>> > > ---------------------------------------------------------------------------

<br>> > > On Fri, Apr 9, 2010 at 10:36 AM, Marco Nolden

<br>> > > <<a href="mailto:m.nolden@dkfz-heidelberg.de">m.nolden@dkfz-heidelberg.de</a>>  wrote:

<br>> > > >

<br>> > > > On 04/09/2010 04:21 PM, Luis Ibanez wrote:

<br>> > > >

<br>> > > > The dubious honor of being the WCFOD:

<br>> > > >

<br>> > > >                              Worst Code-Covered File of the Day

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > > <a href="http://my.cdash.org/viewCoverage.php?buildid=58100">http://my.cdash.org/viewCoverage.php?buildid=58100</a>

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > > Hi,

<br>> > > >

<br>> > > > 2nd on that list is ./Libs/DICOM/Core/ctkDICOMIndexer.cxx, the one I

<br>> > > > would

<br>> > > > take care of.. To write a meaningful test the dartclient needs access to

<br>> > > > a

<br>> > > > directory containing dicom images from several different patients,

<br>> > > > studies

<br>> > > > and series. Any ideas how we could provide that? Could the superbuild

> > > > download and extract the sample archive before running the tests?

<br>> > > >

<br>> > > > Best

<br>> > > > Marco

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > > Does anyone cares about adopting this file ?

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > > Otherwise we will write tests for it today

<br>> > > > under the code-welfare program.

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > >      Please let me know,

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > >                    Thanks

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > >                              Luis

<br>> > > > _______________________________________________

<br>> > > > Ctk-developers mailing list

<br>> > > > <a href="mailto:Ctk-developers@commontk.org">Ctk-developers@commontk.org</a>

<br>> > > > <a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/ctk-developers">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/ctk-developers</a>

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > > --

<br>> > > > ----------------------------------------------------------------------

<br>> > > > Dipl.-Inform. Med. Marco Nolden

<br>> > > > Deutsches Krebsforschungszentrum            (German Cancer Research Center)

<br>> > > > Div. Medical&  Biological Informatics                  Tel: (+49) 6221-42 2325

<br>> > > > Im Neuenheimer Feld 280                                              Fax: (+49) 6221-42 2345

<br>> > > > D-69120 Heidelberg                                                        eMail: <a href="mailto:M.Nolden@dkfz.de">M.Nolden@dkfz.de</a>

<br>> > > >

<br>> > > > _______________________________________________

<br>> > > > Ctk-developers mailing list

<br>> > > > <a href="mailto:Ctk-developers@commontk.org">Ctk-developers@commontk.org</a>

<br>> > > > <a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/ctk-developers">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/ctk-developers</a>

<br>> > > >

<br>> > > >

<br>> > > _______________________________________________

<br>> > > Ctk-developers mailing list

<br>> > > <a href="mailto:Ctk-developers@commontk.org">Ctk-developers@commontk.org</a>

<br>> > > <a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/ctk-developers">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/ctk-developers</a>

<br>> >

<br>> > _______________________________________________

<br>> > Ctk-developers mailing list

<br>> > <a href="mailto:Ctk-developers@commontk.org">Ctk-developers@commontk.org</a>

<br>> > <a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/ctk-developers">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/ctk-developers</a>

<br>> >

<br>> _______________________________________________

<br>> Ctk-developers mailing list

<br>> <a href="mailto:Ctk-developers@commontk.org">Ctk-developers@commontk.org</a>

<br>> <a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/ctk-developers">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/ctk-developers</a>

<br>>

<br>> The material in this message is private and may contain Protected Healthcare

<br>> Information (PHI).  If you are not the intended recipient, be advised that any

<br>> unauthorized use, disclosure, copying or the taking of any action in reliance on

<br>> the contents of this information is strictly prohibited.  If you have received

<br>> this email in error, please immediately notify the sender via telephone or

<br>> return mail. _______________________________________________ Ctk-developers

<br>> mailing list <a href="mailto:Ctk-developers@commontk.org">Ctk-developers@commontk.org</a>

<br>> <a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/ctk-developers">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/ctk-developers</a>

<br>>

<br><br></p>

</body>

</html>