<div dir="ltr"><div><div>Thank you for checking if we could use the data to add tests. I will try to generate an image that is large enough to create the same problem. <br>Replacing the unsigned short with ints is very similar to what I have done on my local branch (I used long), so I am glad to see that this solution also works for you.<br>I'll look into the allocations in the constructor to see if things can be improved. This might be for a second patch.<br><br></div>Best,<br></div>François<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 14, 2017 at 1:53 AM, Mihail Isakov via Insight-users <span dir="ltr"><<a href="mailto:insight-users@itk.org" target="_blank">insight-users@itk.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On Fri, Aug 11, 2017 at 4:44 PM, Francois Budin<br>
<<a href="mailto:francois.budin@kitware.com">francois.budin@kitware.com</a>> wrote:<br>
<br>
> I found that there was a limitation in the<br>
> current implementation due to the fact that it uses "unsigned short"<br>
> variables.<br>
<br>
</span>Thank you very much. Fantastic! I changed in itkBinaryMask3DMeshSource.h<br>
<br>
unsigned short m_CurrentRowIndex;<br>
unsigned short m_CurrentFrameIndex;<br>
unsigned short m_LastRowNum;<br>
unsigned short m_LastFrameNum;<br>
unsigned short m_CurrentRowNum;<br>
unsigned short m_CurrentFrameNum;<br>
<br>
to 'int' and it works, no crashes.<br>
<br>
BTW, IMHO, it looks like variables m_NodeLimit(2000) and int m_CellLimit(4000)<br>
and allocations in constructor<br>
this->GetOutput()->GetPoints()<wbr>->Reserve(m_NodeLimit);<br>
this->GetOutput()->GetCells()-<wbr>>Reserve(m_CellLimit);<br>
don't have any effect and can be deleted... I generated huge meshes<br>
without problems<br>
very fast (with or without those limits and allocations).<br>
<br>
Also i have seen that 3D binary images with dimension 1 cause<br>
segmentation fault of filter too,<br>
eg. this one<br>
<a href="https://drive.google.com/file/d/0ByBLJ2-U1t9xS2VCa0RnVVdBYjg/view?usp=sharing" rel="noreferrer" target="_blank">https://drive.google.com/file/<wbr>d/0ByBLJ2-<wbr>U1t9xS2VCa0RnVVdBYjg/view?usp=<wbr>sharing</a><br>
It not relevant to unsigned short issue above.<br>
Of course such images should not be used at all to generate mesh,<br>
the same for the first noisy image, but anyway for filter robustness<br>
some precondition check might be<br>
done. The filter is very good, very fast.<br>
<span class=""><br>
> Is it ok to add your data you shared in this<br>
<br>
</span>I am sorry, i asked the owner of the original data set i derived the<br>
image from. Unfortunately he don't want to add it permanently to tests<br>
due to some kind of policy. Sorry<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
Regards,<br>
Mihail<br>
______________________________<wbr>_______<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_<wbr>FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/insight-users</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>