<div dir="ltr">Hello Francois and Dženan,<div><br></div><div>Because of the way the images were captured, there is a known common point of overlap, so we set the centre to that point in the expectation that the transform would rotate and translate about that point when the registration is run.  Have I misunderstood the design or is that what should be happening?</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><p>--</p><p>AH<br></p><p><br></p><p>-----------------------------------------------------------------------------------------------</p><p><i>This email and any attachments thereto may contain private, confidential, and privileged materials for the sole use of the intended recipient. Any reviewing, copying, or distribution of this email (or any attachments thereto) by other than the intended recipient is strictly prohibited. If you are not the intended recipient, please contact the sender immediately and permanently destroy this email and any attachments thereto.</i></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 11, 2017 at 9:00 AM, Francois Budin <span dir="ltr"><<a href="mailto:francois.budin@kitware.com" target="_blank">francois.budin@kitware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Hello Andrew,<br><br></div>Did you try to initialize the registration with [1] for example?<br></div>If the images do not overlap at all at the beginning of the registration, the algorithm might only do what Dżenan said, match black pixels.<br></div>Initializing the transform should help.<br><br></div><div>Hope this helps,<br></div>Francois<br><div><div><div><br>[1] <a href="https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1CenteredTransformInitializer.html" target="_blank">https://itk.org/Doxygen/html/<wbr>classitk_1_<wbr>1CenteredTransformInitializer.<wbr>html</a><br></div></div></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 11, 2017 at 8:36 AM, Andrew Harris <span dir="ltr"><<a href="mailto:aharr8@uwo.ca" target="_blank">aharr8@uwo.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">In the image mask, the parts we want to include in the calculation are bright and the parts that we want to exclude are dark, is that the opposite of what it should be?</div><div class="gmail_extra"><span><br clear="all"><div><div class="m_7855588344141137896m_2892137538414551205gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><p>--</p><p>AH<br></p><p><br></p><p>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>-----</p><p><i>This email and any attachments thereto may contain private, confidential, and privileged materials for the sole use of the intended recipient. Any reviewing, copying, or distribution of this email (or any attachments thereto) by other than the intended recipient is strictly prohibited. If you are not the intended recipient, please contact the sender immediately and permanently destroy this email and any attachments thereto.</i></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br></span><div><div class="m_7855588344141137896h5"><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 30, 2017 at 7:25 PM, Dženan Zukić <span dir="ltr"><<a href="mailto:dzenanz@gmail.com" target="_blank">dzenanz@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Andrew,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">your masks might be inverted. If NCC gets all black pixels in both images, the correlation will be perfect.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Dženan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="m_7855588344141137896m_2892137538414551205h5">On Thu, Mar 30, 2017 at 2:13 PM, Andrew Harris <span dir="ltr"><<a href="mailto:aharr8@uwo.ca" target="_blank">aharr8@uwo.ca</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="m_7855588344141137896m_2892137538414551205h5"><div dir="ltr">Hi, I'm hoping someone can guide me toward an explanation of this.  I run my pipeline on various ultrasound image sets and get an NCC between 0.65 and 0.8 for good alignments, but on some sets the NCC returns 1.0 when the images aren't even overlapping.  I have the black areas of the image masked out, and have even tried cranking up the threshold to be sure the darker areas aren't being included to no avail.  Any thoughts?<br clear="all"><div><div class="m_7855588344141137896m_2892137538414551205m_-5255256472375010337m_8305282680372223308gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><p>--</p><p>AH<br></p><p><br></p><p>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>-----</p><p><i>This email and any attachments thereto may contain private, confidential, and privileged materials for the sole use of the intended recipient. Any reviewing, copying, or distribution of this email (or any attachments thereto) by other than the intended recipient is strictly prohibited. If you are not the intended recipient, please contact the sender immediately and permanently destroy this email and any attachments thereto.</i></p></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_______<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensou<wbr>rce/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/product<wbr>s/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FA<wbr>Q</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mail<wbr>man/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div></div></div>
<br>______________________________<wbr>_______<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensou<wbr>rce/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/product<wbr>s/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FA<wbr>Q</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mail<wbr>man/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>