<div dir="ltr">Hi Giuseppe,<div><br></div><div>Welcome to ITK!</div><div><br></div><div>Yes, the itk.MorphologicalWatershedImageFilter can generate the desired segmentation. For more information, see this article:</div><div><br></div><div>  <a href="http://www.insight-journal.org/browse/publication/92">http://www.insight-journal.org/browse/publication/92</a></div><div><br></div><div>Hope this helps,</div><div>Matt</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 13, 2017 at 3:56 PM, Giuseppe Amatulli <span dir="ltr"><<a href="mailto:giuseppe.amatulli@gmail.com" target="_blank">giuseppe.amatulli@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><br></div><div>Hi, </div><div>I'm new in <a href="https://itk.org/" target="_blank">ITK</a> and would like to have some directions/suggestions. </div><div><font color="#000000"><span style="font-size:12.8px"><br></span></font></div><div><font color="#000000"><span style="font-size:12.8px">I'm trying to segment the image in Figure 1 and be able to identify "valleys" between each one of the blue point.  </span></font><span style="font-size:12.8px;color:rgb(0,0,0)">In other words I would like to obtain a red-line on the valleys like the one show in Figure 2. </span></div><div><font color="#000000"><span style="font-size:12.8px"><br></span></font></div><div><font color="#000000"><span style="font-size:12.8px">Is this possible with ITK and if yes which are the commands/libraries that should use? </span></font></div><div><font color="#000000"><span style="font-size:12.8px">Is there any python-itk example that I can use to obtain something similar. </span></font></div><div><font color="#000000"><span style="font-size:12.8px"><br></span></font></div><div><font color="#000000"><span style="font-size:12.8px">Thanks </span></font></div><div><font color="#000000"><span style="font-size:12.8px">Best Giuseppe   </span></font></div><div><br></div><div><br></div><div>FIGURE 1</div><div><img src="cid:ii_15a3935997cae925" alt="Inline images 2" width="455" height="340"><br></div><div><br></div><div>FIGURE 2</div><div><br></div><div><img src="cid:ii_15a3932c8b533035" alt="Inline images 1" width="256" height="256"><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_7104436335318141983gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Giuseppe Amatulli, Ph.D.<br><br>Research scientist at<br><span>Yale School of Forestry & Environmental Studies<br></span><span>Yale Center for Research Computing<br></span>Center for Science and Social Science Information<br>New Haven, 06511<br><div>
   Teaching: <a href="http://spatial-ecology.org" target="_blank">http://spatial-ecology.org</a>
  </div> 
  
   Work:  <a href="https://environment.yale.edu/profile/giuseppe-amatulli/" target="_blank">https://environment.yale.edu/<wbr>profile/giuseppe-amatulli/</a> <br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Community mailing list<br>
<a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/community</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>