<div dir="ltr"><div>Also, using <span style="font-family:monospace,monospace">useCompression=True</span> as parameter in SimpleITK.WriteImage() gives:<br><pre style="box-sizing:border-box;overflow:auto;font-family:monospace;font-size:14px;display:block;padding:0px;margin:0px;line-height:inherit;word-break:break-all;color:rgb(0,0,0);background-color:rgb(255,255,255);border-width:0px;border-style:none;border-color:-moz-use-text-color;border-radius:0px;white-space:pre-wrap;vertical-align:baseline;font-style:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:left;text-indent:0px;text-transform:none;word-spacing:0px"><span class="gmail-ansicyan" style="box-sizing:border-box;color:steelblue"><span class="gmail-ansigreen" style="box-sizing:border-box;color:darkgreen"><span class="gmail-ansired" style="box-sizing:border-box;color:darkred">TypeError</span>: WriteImage() got an unexpected keyword argument 'useCompression'
</span></span></pre><br class="gmail-Apple-interchange-newline"></div>Though I appreciate the work on SimpleITK, I can't help but say that SimpleITK is very poorly managed.<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 24, 2017 at 11:56 AM, Vishwanathan Shreyas <span dir="ltr"><<a href="mailto:shreyas122011@gmail.com" target="_blank">shreyas122011@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div dir="ltr">Hi <span name="Dženan Zukić" class="m_-7202426662481680418m_-7473936639335824273gmail-gD">Džena,</span><br><span name="Dženan Zukić" class="m_-7202426662481680418m_-7473936639335824273gmail-gD"></span><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div><div><div><span name="Dženan Zukić" class="m_-7202426662481680418m_-7473936639335824273gmail-gD"><br></span></div><span name="Dženan Zukić" class="m_-7202426662481680418m_-7473936639335824273gmail-gD">Thanks for the advice! Can u tell me if there will be information loss on conversion to Int16?<br><br></span></div><span name="Dženan Zukić" class="m_-7202426662481680418m_-7473936639335824273gmail-gD">Regards,<br></span></div><span name="Dženan Zukić" class="m_-7202426662481680418m_-7473936639335824273gmail-gD">Shreyas<br> </span></div><div class="m_-7202426662481680418HOEnZb"><div class="m_-7202426662481680418h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 23, 2017 at 11:20 PM, Dženan Zukić <span dir="ltr"><<a href="mailto:dzenanz@gmail.com" target="_blank">dzenanz@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Shreyas,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">more likely reason is that you did not turn on compression in the ImageFileWriter. And casting the output back to int16 would decrease the size further.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Dženan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="m_-7202426662481680418m_-7473936639335824273h5">On Mon, Jan 23, 2017 at 11:50 AM, Vishwanathan Shreyas <span dir="ltr"><<a href="mailto:shreyas122011@gmail.com" target="_blank">shreyas122011@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="m_-7202426662481680418m_-7473936639335824273h5"><div dir="ltr">Hi,<br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><br></div>I'm using SimpleITK on python. I wanted to perforn N4 bias correction on the MICCAI BRATS database. For that, first I cast the images to Float32, which were initially Int16 and then passed it to the filter.<br><br></div>When I saved the output on disk, I found a huge gap between the input and output sizes.<br><br></div>INPUT: ~2MB<br></div>OUPUT: ~33MB !!!<br><br></div>I know that float takes more space, but can we cast the output to Int16 again without loss of information(as I don't believe float pixel values mean anything)?<br><br></div>Thanks,<br></div>Shreyas<br></div>
</div><br></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
Community mailing list<br>
<a href="mailto:Community@itk.org" target="_blank">Community@itk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mail<wbr>man/listinfo/community</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>