<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Zein,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><div class="gmail_default">image position patient is the authoritative tag to reconstruct slice spacing and the vector of Z position/orientation. But I am surprised that result is negative spacing instead of negative direction cosine (orientation vector). Can you provide the offending DICOM file?</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default">Regards,</div><div class="gmail_default">Dženan</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 24, 2016 at 11:12 AM, Zein Salah <span dir="ltr"><<a href="mailto:zeinsalah@gmail.com" target="_blank">zeinsalah@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Dženan,<br>
<br>
thanks for the response.<br>
<br>
but I still wonder what does this mean. The reason for the question is:<br>
<br>
The input image is a multiframe dicom, in which the image position<br>
patient (0020, 0032)<br>
is stored in the header for every frame. and these values are having<br>
decreasing values<br>
in the z-coordinate. So I am asking myself<br>
<br>
1. if the itkimagereader considers this when it reconstructs the 3D volume?<br>
<br>
2. if this is the reason for negative z-spacing? if this is the case,<br>
I can this to<br>
interpret the meaning of the z-spacing.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
<br>
2016-10-24 16:55 GMT+02:00 Dženan Zukić <<a href="mailto:dzenanz@gmail.com">dzenanz@gmail.com</a>>:<br>
> Hi Zein,<br>
><br>
> I suppose you could invert the 3rd row (Z component) of the TransformMatrix<br>
> and have the spacing positive. It should have the same effect and is more<br>
> logical.<br>
><br>
> Regards,<br>
> Dženan<br>
><br>
> On Mon, Oct 24, 2016 at 8:50 AM, Zein Salah <<a href="mailto:zeinsalah@gmail.com">zeinsalah@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hi,<br>
>><br>
>> I have a question regarding reading dicom files with itk,<br>
>> particularly, multiframe dicom file (all slices in one single file).<br>
>><br>
>> I have read an image with itk 4.10 and write it into an mhd-raw image.<br>
>> I noticed that the z-spacin is negative.<br>
>> What does negative spacing mean?<br>
>><br>
>> thanks,<br>
>> Zein<br>
>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>> Community mailing list<br>
>> <a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
>> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/community</a><br>
><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>