<div dir="ltr">Hello I tried to modify the MutualInformationImageToImageFilter example and tried to make it read images and calculate their normalized mutual informaion. Here is the code:<div><br></div><div><div>#include "itkMutualInformationImageToImageMetric.h"</div><div>#include "itkRandomImageSource.h"</div><div>#include "itkTranslationTransform.h"</div><div>#include"itkCenteredRigid2DTransform.h"</div><div>#include "itkLinearInterpolateImageFunction.h"</div><div>#include"itkImageFileReader.h"</div><div>#include"itkNormalizedMutualInformationHistogramImageToImageMetric.h"</div><div><br></div><div><br></div><div>typedef itk::Image< unsigned char, 2>  ImageType;</div><div>//typedef itk::Image< float, 2> ImageType;</div><div><br></div><div>int main( int argc, char *argv[] )</div><div>{</div><div><br></div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>const    unsigned int    ImageDimension = 2;</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>typedef  signed short    PixelType;</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>typedef itk::Image<PixelType, ImageDimension> FixedImage;</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>typedef itk::Image<PixelType, ImageDimension> MovingImage;</div><div><br></div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>typedef itk::ImageFileReader<FixedImage> FixedImageTypeReader;</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>typedef itk::ImageFileReader<MovingImage> MovingImageTypeReader;</div><div><br></div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>FixedImageTypeReader::Pointer fixedreader = FixedImageTypeReader::New();</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>MovingImageTypeReader::Pointer movingreader = MovingImageTypeReader::New();</div><div><br></div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>fixedreader->SetFileName(argv[1]);</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">  </span>movingreader->SetFileName(argv[2]);</div><div><br></div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>fixedreader->Update();</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>movingreader->Update();</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>FixedImage::Pointer fixedImage = fixedreader->GetOutput();</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">  </span>MovingImage::Pointer movingImage = movingreader->GetOutput();</div><div><br></div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span></div><div><br></div><div>  typedef itk::TranslationTransform<double, 2> TranslationTransformType; // This cannot be float for some reason?</div><div>  TranslationTransformType::Pointer transform = TranslationTransformType::New();</div><div><br></div><div>  /*typedef itk::MutualInformationImageToImageMetric<FixedImage, MovingImage >    MetricType;*/</div><div><br></div><div>  typedef itk::NormalizedMutualInformationHistogramImageToImageMetric<FixedImage, MovingImage> MetricType;</div><div><br></div><div><br></div><div>  MetricType::Pointer metric = MetricType::New();</div><div><br></div><div>  metric->SetTransform(transform);</div><div><br></div><div><br></div><div>  metric->SetFixedImageRegion(fixedImage->GetLargestPossibleRegion());</div><div>  </div><div>  MetricType::HistogramType::SizeType histogramSize;</div><div>  histogramSize.SetSize(2);</div><div>  histogramSize[0] = 64;</div><div>  histogramSize[1] = 64;</div><div><br></div><div>  metric->SetHistogramSize(histogramSize);</div><div><br></div><div>  const unsigned int numberOfParameters = transform->GetNumberOfParameters();</div><div>  typedef MetricType::ScalesType ScalesType;</div><div>  ScalesType scales(numberOfParameters);</div><div><br></div><div>  scales.Fill(1.0);</div><div><br></div><div>  metric->SetDerivativeStepLengthScales(scales);</div><div><br></div><div>  metric->SetFixedImage(fixedImage);</div><div>  metric->SetMovingImage(movingImage);</div><div><br></div><div>  metric->SetFixedImageRegion(fixedImage->GetLargestPossibleRegion());</div><div><br></div><div>  itk::LinearInterpolateImageFunction<MovingImage, double>::Pointer interpolator = itk::LinearInterpolateImageFunction<MovingImage, double>::New();</div><div>  interpolator->SetInputImage(fixedImage);</div><div>  metric->SetInterpolator(interpolator);</div><div><br></div><div>  TranslationTransformType::ParametersType parameters;</div><div>  parameters.SetSize(2);</div><div>  parameters.Fill(0);</div><div>  std::cout << "parameters: " << parameters << std::endl;</div><div>  printf("before problem\n");</div><div>  MetricType::MeasureType value = metric->GetValue(parameters);</div><div>  printf("after problem\n");</div><div>  std::cout << "Value: " << value << std::endl;</div><div><br></div><div>  return EXIT_SUCCESS;</div><div>}</div></div><div><br></div><div>The problem is that every time I call metric->GetValue(parameters); the programme crashes. What could be the problem???</div></div>