<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div>Hello Swetha,<br><br></div>The easiest way to load an mhd file is to use itkImageFileReader [1]. The ITK Software Guide (pdf) [2]<br>has great examples on how to read an image in section "4.1.2  Reading an Image from a File". This will make is much simplier to actually read the image without having to worry about the format and the tags (ITK supports a wide variety of formats including Meta images such as mhd and mha files). To display the image, you will need to read:<br>* the size: image->GetLargestPossibleRegion().GetSize()<br></div>* the spacing: image->GetSpacing()<br></div>* the direction matrix: image->GetDirection()<br></div>* the origin: image->GetOrigin()<br><br></div>If you want to read the mhd file manually, it will be more complicated, but you can look at [3].<br><br>In the case of your specific header, it seems to me that you have extra tags that are coming from the conversion of a NIFTI image into your mhd file (basically all the tags that start with a lower case), which makes your header harder to read, although this will not be a problem to read this image with ITK.<br><br></div>Hope this helps,<br><br></div>Francois<br><div><div><br><div><div><div><div>[1] <a href="https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ImageFileReader.html">https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ImageFileReader.html</a><br><br>[2] <a href="https://itk.org/ItkSoftwareGuide.pdf">https://itk.org/ItkSoftwareGuide.pdf</a><br><br>[3] <a href="https://itk.org/Wiki/ITK/MetaIO/Documentation">https://itk.org/Wiki/ITK/MetaIO/Documentation</a><br></div></div></div></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 15, 2016 at 3:26 AM, swetha <span dir="ltr"><<a href="mailto:swetha.bsharma@gmail.com" target="_blank">swetha.bsharma@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
  I have this mhd file header<br>
<br>
ObjectType = Image<br>
NDims = 3<br>
BinaryData = True<br>
BinaryDataByteOrderMSB = False<br>
CompressedData = False<br>
TransformMatrix = 1 0 0 0 1 0 0 0 1<br>
Offset = 0 0 0<br>
CenterOfRotation = 0 0 0<br>
AnatomicalOrientation = RAI<br>
ElementSpacing = 1 1 1<br>
bitpix = 8<br>
cal_max = 256<br>
cal_min = 0<br>
datatype = 2<br>
dim[0] = 4<br>
dim[1] = 480<br>
dim[2] = 480<br>
dim[3] = 256<br>
dim[4] = 1<br>
dim[5] = 1<br>
dim[6] = 0<br>
dim[7] = 0<br>
dim_info =<br>
intent_code = 0<br>
intent_p1 = 1.86143e+034<br>
intent_p2 = 0<br>
intent_p3 = 0<br>
pixdim[0] = 0<br>
pixdim[1] = 1<br>
pixdim[2] = 1<br>
pixdim[3] = 1<br>
pixdim[4] = 0<br>
pixdim[5] = 0<br>
pixdim[6] = 0<br>
pixdim[7] = 0<br>
qform_code = 0<br>
qoffset_x = 0<br>
qoffset_y = 0<br>
qoffset_z = 0<br>
quatern_b = 0<br>
quatern_c = 0<br>
quatern_d = 0<br>
scl_inter = 0<br>
scl_slope = 1<br>
sform_code = 0<br>
slice_code =<br>
slice_duration = 0<br>
slice_end = 0<br>
slice_start = 0<br>
srow_x = 0 0 0 0<br>
srow_y = 0 0 0 0<br>
srow_z = 0 0 0 0<br>
toffset = 0<br>
vox_offset = 0<br>
xyzt_units =<br>
DimSize = 480 480 256<br>
ElementType = MET_SHORT<br>
ElementDataFile = usg2_-2.raw<br>
<br>
I want to know what the tags mean so that i can write a function to parse<br>
and display the image.<br>
-swetha<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
View this message in context: <a href="http://itk-insight-users.2283740.n2.nabble.com/itk-mhd-header-tp7589210.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://itk-insight-users.<wbr>2283740.n2.nabble.com/itk-mhd-<wbr>header-tp7589210.html</a><br>
Sent from the ITK Insight Users mailing list archive at Nabble.com.<br>
______________________________<wbr>_______<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_<wbr>FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/insight-users</a><br>
</blockquote></div><br></div>