<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Wei,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">you should start by setting a breakpoint in file /home/weiliu/packages/ITK/Modules/Filtering/GPUSmoothing/include/itkGPUMeanImageFilter.hxx, line 75 and inspect variables involved in that statement: does oPtr point to a valid itk::Image etc. If you find a problem with the code or documentation, please <a href="http://itk.org/Wiki/ITK/Git/Develop">submit</a> a fix.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Dženan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 13, 2016 at 2:54 PM, Wei Liu <span dir="ltr"><<a href="mailto:weiliu620@gmail.com" target="_blank">weiliu620@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi community,<div><br></div><div>It's more like a question to developers. I'm using itkGPUMeanImageFilter and got a segfault. Here are the steps I took:</div><div><br></div><div>- Compile latest github version of ITK with GPU option on</div><div>- Wrote a program to apply gpu mean filter on a 3D MRI brain image. </div><div><br></div><div>Run it in gdb (to show the location of segfault) and here is the output:</div><div>---------- gdb output ------------------------</div><div><div>(gdb) run -i ../data/MRHead.nrrd -o tmp.nrrd </div><div>Starting program: /home/weiliu/build/gpu_mean_<wbr>smoothing -i ../data/MRHead.nrrd -o tmp.nrrd</div><div>[Thread debugging using libthread_db enabled]</div><div>Using host libthread_db library "/lib/x86_64-linux-gnu/<wbr>libthread_db.so.1".</div><div>Platform  : NVIDIA CUDA</div><div>[New Thread 0x7ffff465e700 (LWP 12782)]</div><div>[New Thread 0x7fffebbff700 (LWP 12783)]</div><div>[New Thread 0x7fffeb2b6700 (LWP 12784)]</div><div>[New Thread 0x7fffeaab5700 (LWP 12785)]</div><div>[New Thread 0x7fffea2b4700 (LWP 12786)]</div><div>[New Thread 0x7fffe9ab3700 (LWP 12787)]</div><div>[New Thread 0x7fffe92b2700 (LWP 12788)]</div><div>GeForce GTX 980 Ti</div><div>Maximum Work Item Sizes : { 1024, 1024, 64 }</div><div>Maximum Work Group Size : 1024</div><div>Alignment in bits of the base address : 4096</div><div>Smallest alignment in bytes for any data type : 128</div><div>cl_khr_byte_addressable_store cl_khr_icd cl_khr_gl_sharing cl_nv_compiler_options cl_nv_device_attribute_query cl_nv_pragma_unroll cl_nv_copy_opts  cl_khr_global_int32_base_<wbr>atomics cl_khr_global_int32_extended_<wbr>atomics cl_khr_local_int32_base_<wbr>atomics cl_khr_local_int32_extended_<wbr>atomics cl_khr_fp64 </div><div>Defines: #define DIM_3</div><div>#define PIXELTYPE float</div><div><br></div><div><br></div><div>Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.</div><div>0x0000000000670f96 in itk::GPUMeanImageFilter<itk::<wbr>Image<float, 3u>, itk::Image<float, 3u> >::GPUGenerateData (this=0x1b01f00)</div><div>    at /home/weiliu/packages/ITK/<wbr>Modules/Filtering/<wbr>GPUSmoothing/include/<wbr>itkGPUMeanImageFilter.hxx:75</div><div>75<span style="white-space:pre-wrap">      </span>  typename GPUOutputImage::SizeType outSize = otPtr-><wbr>GetLargestPossibleRegion().<wbr>GetSize();</div></div><div>--------- end of gdb output --------------------</div><div><br></div><div>So where should I start to debug? I'm on Ubuntu 14.04 LTS, 64 bit, with CUDA 7.5. </div><div><br></div><div>Thanks for your input. </div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Community mailing list<br>
<a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/community</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>