<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Neo,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><span style="font-family:verdana,sans-serif">it sounds like you did not change the </span><font face="monospace, monospace">OutputPixelType</font><font face="verdana, sans-serif"> from </font><font face="monospace, monospace">unsigned char</font><font face="verdana, sans-serif"> to </font><font face="monospace, monospace">short</font><font face="verdana, sans-serif">, which is required to represent the entire range of CT numbers (-1000 to +3000).</font></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="verdana, sans-serif">Regards,</font></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><font face="verdana, sans-serif">Dženan</font></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Aug 20, 2016 at 12:37 AM, Xiaodong Zhao <span dir="ltr"><<a href="mailto:xzhao21@lsu.edu" target="_blank">xzhao21@lsu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hi Dzenan,
<div><br>
</div>
<div>Thanks for your reply!</div>
<div><br>
</div>
<div>I tried to edit the example ImageRegistration20.cxx a bit. Basically I just input the the fixed MR, the moving MR, and the CT that’s pre-registered with the moving MR, and after the affine transformation is done b/w the 2 MR volumes, I just applied
 the same transformation matrix to the CT, or at least that’s what i was trying to do(i just copied the resampling part and changed some variables)... The MR looks good, but I got all these streaking artifacts from the CT,  and the CT numbers seems to be rescaled
 to from 0 to around 250, which happens to be about the same range of the difference image(the min and max of the IntensityRescaler in line 451). I attached a screenshot of one CT slice, and the code(excuse my POOOOOR programming skills!). Did I use a wrong
 resampling filter or…?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks again,</div>
<div>Neo</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div></div>
</div>

</blockquote></div><br></div>