<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Robert,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">by default the precision for output does not include all digits in floats and doubles. If there is a difference on 7th decimal place, it will cause the exception but will not be visible in cout. Can you examine origin, spacing and directions on the input images? I had that problem recently (1.99999999 was different from 2.0).</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">HTH,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Dženan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 30, 2016 at 11:06 AM, Robert <span dir="ltr"><<a href="mailto:scorpiuni@gmail.com" target="_blank">scorpiuni@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Community,<br>
I encountered an error which I really can't get fixed.<br>
I wrote some code in order to do a segmentation with the geodesic function<br>
with shape guidance, but in 3D.<br>
I got my shape models, PCA data, etc, all done.<br>
Now in the geodesic code, I preprocess my image in which I want to find my<br>
structure (I need shape guidance, as the structure kind of melts to the<br>
background at one point, so I need the shape to restrict this).<br>
Preprocessing etc is all done, I now give my preprocessed image, and a<br>
levelset as well as the mean image and pc-images to my geodesic function<br>
(see link to code below).<br>
At one point, when testing my code, this error occurs:<br>
Description: itk::ERROR:<br>
GeodesicActiveContourShapePriorLevelSetImageFilter(0x115f970): Inputs do not<br>
occupy the same physical space!<br>
Now, as I already encountered this error once, I checked ALL the directions<br>
of ANY image in the pipeline (see code, console output usually marked with<br>
//*****DEBUG*****). They all give the same, correct value to the console.<br>
I really am at my wits end, I can't explain this error.<br>
I think it crashed at the writer called "writer", writer->SetInput(<br>
thresholder->GetOutput() );, as this one gets as input the output from the<br>
geodesic function (so, basically, the writer that will produce the final<br>
result).<br>
I commented this part out for testing purposes, and there is still a crash<br>
even later:<br>
"evalOutput5.nrrd"<br>
and<br>
"paraOutput6.nrrd" can never be reached, the same error message occurs here.<br>
I really cant find a solution, and the worst part is that due to this error<br>
I can't even test if the result is useful at all. Like I mentioned before,<br>
without shape guidance, the result is not satisfying, as "too much" of the<br>
structure is being segmented.<br>
Any help would be really appreciated.<br>
Greetings,<br>
Robert<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
View this message in context: <a href="http://itk-insight-users.2283740.n2.nabble.com/Geodesic-3D-Shape-guidance-tp7588926.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://itk-insight-users.2283740.n2.nabble.com/Geodesic-3D-Shape-guidance-tp7588926.html</a><br>
Sent from the ITK Insight Users mailing list archive at Nabble.com.<br>
_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
</blockquote></div><br></div>