<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">You are welcome. However, try to keep the discussion on the mailing list so people in the future could benefit from it.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Dženan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Apr 22, 2016 at 11:09 PM, Apantar <span dir="ltr"><<a href="mailto:2389127171@qq.com" target="_blank">2389127171@qq.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>Hi <span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px">Dženan,</span></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px"><br></span></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px">  I have realized this problem. Now I am trying to change the oringal Image into the tree data structure by using the method you mentioned. Anyway, thanks for your help, </span><font face="verdana, sans-serif" size="2"><span style="line-height:19.5px">sincerely.</span></font></div><div><font face="verdana, sans-serif" size="2"><span style="line-height:19.5px"><br></span></font></div><div><div>Best regards</div><div style="font-size:12px;font-family:Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0">------------------ 原始邮件 ------------------</div><div style="font-size:12px;background:#efefef;padding:8px"><div><b>发件人:</b> "Dženan Zukić";<<a href="mailto:dzenanz@gmail.com" target="_blank">dzenanz@gmail.com</a>>;</div><div><b>发送时间:</b> 2016年4月22日(星期五) 晚上11:28</div><div><div class="h5"><div><b>收件人:</b> "Apantar"<<a href="mailto:2389127171@qq.com" target="_blank">2389127171@qq.com</a>>; </div><div><b>抄送:</b> "Insight-users"<<a href="mailto:insight-users@itk.org" target="_blank">insight-users@itk.org</a>>; </div><div><b>主题:</b> Re: [ITK-users] Pruning algorithm in tree structure</div></div></div></div><div><div class="h5"><div><br></div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Apantar,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">that structure is not at all suitable for the algorithm I described. It first needs to be converted into a tree data structure before the algorithm I proposed can be applied to it. Starting with the root voxel of the tree, you might want to use itk iterators to manually do BFS or DFS algorithms, or use the already implemented filter for that, the <a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1FloodFilledImageFunctionConditionalIterator.html" target="_blank">FloodFillIterator</a>.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Regards</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 21, 2016 at 9:58 PM, Apantar <span dir="ltr"><<a href="mailto:2389127171@qq.com" target="_blank">2389127171@qq.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>Hi <span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px">Dženan,</span></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px">  It is so nice of you to be interested in my problem and help me like that. The skeleton is obtained through the Matlab, </span></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px">  so the type of data is double , the format is '.mat' and it is stored as a 512*512*452 volume.</span></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px"><br></span></div><div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px">Regards</span></div><div><br></div><div style="font-size:12px;font-family:Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0">------------------ 原始邮件 ------------------</div><div style="font-size:12px;background:#efefef;padding:8px"><div><b>发件人:</b> "Dženan Zukić";<<a href="mailto:dzenanz@gmail.com" target="_blank">dzenanz@gmail.com</a>>;</div><div><b>发送时间:</b> 2016年4月21日(星期四) 晚上9:23</div><div><div><div><b>收件人:</b> "Apantar"<<a href="mailto:2389127171@qq.com" target="_blank">2389127171@qq.com</a>>; </div><div><b>抄送:</b> "Insight-users"<<a href="mailto:insight-users@itk.org" target="_blank">insight-users@itk.org</a>>; </div><div><b>主题:</b> Re: [ITK-users] Pruning algorithm in tree structure</div></div></div></div><div><div><div><br></div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Apantar,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">in which data structure is your airway skeleton?</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Regards</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 20, 2016 at 10:22 PM, Apantar <span dir="ltr"><<a href="mailto:2389127171@qq.com" target="_blank">2389127171@qq.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>Hi <span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px">Dženan,</span></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px"><br></span></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px">Thanks you very much. Your method is helpful and I can't help</span><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px"> having a try. But would you tell me which filter in ITK is </span><font face="verdana, sans-serif" size="2"><span style="line-height:19.5px">appropriate in this work?</span></font></div><div><span><div><br></div><div>Regards,</div><div>Apantar</div><div style="font-size:12px;font-family:Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0">------------------ 原始邮件 ------------------</div></span><div style="font-size:12px;background:#efefef;padding:8px"><div><b>发件人:</b> "Dženan Zukić";<<a href="mailto:dzenanz@gmail.com" target="_blank">dzenanz@gmail.com</a>>;</div><div><b>发送时间:</b> 2016年4月20日(星期三) 晚上11:32</div><div><b>收件人:</b> "Apantar"<<a href="mailto:2389127171@qq.com" target="_blank">2389127171@qq.com</a>>; </div><div><b>抄送:</b> "Insight-users"<<a href="mailto:insight-users@itk.org" target="_blank">insight-users@itk.org</a>>; </div><div><div><div><b>主题:</b> Re: [ITK-users] Pruning algorithm in tree structure</div></div></div></div><div><div><div><br></div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Apantar,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">now the problem is clear to me. I would go about it like this:</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">For each branch point calculate the distance from root, depth of left branch and depth of right branch. If depth of one branch is much smaller (<5%) than the other, eliminate it as noise. If you have diameter of the airway at each segment of the tree, you can use it for even better results: divide depth of each branch with the thickness at the branching point, and if it is <1.5 thicknesses it is noise.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Depth of branch=length of the deepest subbranch.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Dženan</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 19, 2016 at 10:39 PM, Apantar <span dir="ltr"><<a href="mailto:2389127171@qq.com" target="_blank">2389127171@qq.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>Hi <span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px">Dženan,</span></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px"><br></span></div><div><span style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;line-height:19.5px">Thanks for your reply. Now I get a already segmented airway tree and it is binary. Moreover, I get a binary </span><font face="verdana, sans-serif" size="2"><span style="line-height:19.5px">skeleton of this airway tree. </span></font></div><div><font face="verdana, sans-serif" size="2"><span style="line-height:19.5px">The airway tree and the skeleton are shown in the email attachment respectively. As shown in the picture of skeleton, there are many </span></font></div><div><font face="verdana, sans-serif" size="2"><span style="line-height:19.5px">small branches which are caused by the noise or cavities on the main trachea. When your compare the airway tree with the skeleton, you may found this small</span></font></div><div><font face="verdana, sans-serif" size="2"><span style="line-height:19.5px">branches on the main trachea are not the real part of the skeleton. So what can I do to prun this small branches.</span></font></div><div><div><br></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Apantar</div></div><div style="font-size:12px;font-family:Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0">------------------ 原始邮件 ------------------</div><div style="font-size:12px;background:#efefef;padding:8px"><div><b>发件人:</b> "Dženan Zukić";<<a href="mailto:dzenanz@gmail.com" target="_blank">dzenanz@gmail.com</a>>;</div><div><b>发送时间:</b> 2016年4月19日(星期二) 晚上10:27</div><div><b>收件人:</b> "Apantar"<<a href="mailto:2389127171@qq.com" target="_blank">2389127171@qq.com</a>>; </div><div><b>抄送:</b> "insight-users"<<a href="mailto:insight-users@itk.org" target="_blank">insight-users@itk.org</a>>; </div><div><b>主题:</b> Re: [ITK-users] Pruning algorithm in tree structure</div></div><div><div><div><br></div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Apantar,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">your description of the problem is not detailed enough (how about some screenshot? what are false branches on the centerline), and seems very open ended to give specific recommendation. Do you expect some algorithm which takes into account the underlying image, or just works with binary image? The latter seems like a either a very hard or a very easy problem. And the first seems like an ordinary airway extraction.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Dženan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 18, 2016 at 9:00 AM, Apantar <span dir="ltr"><<a href="mailto:2389127171@qq.com" target="_blank">2389127171@qq.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>Hi，</div><div>  I have a binary skeleton of an airway tree but there are many false branches on the centerline . So I wonder if there </div><div>is a filter in Itk which would be used to pruning the skeleton of the airway tree.</div><div><br></div><div>Thanks</div><div><div>Best Regards,</div><div>EVEN DUAN</div></div><br>_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br></div></div></div></div></div></blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>