<div dir="ltr">My mac has 3.2.2 and OS X 10.10</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 11, 2016 at 5:59 PM, Mathew Guilfoyle <span dir="ltr"><<a href="mailto:mrguilfoyle@gmail.com" target="_blank">mrguilfoyle@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">I tried running the code below as suggested - both in RStudio and the terminal - and get the same abort/segfault error.<div><br></div><div>Which version of R are you running? - I can install an older version to see if it works.</div><div><div class="h5"><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On 11 Apr 2016, at 01:02, Richard Beare <<a href="mailto:richard.beare@gmail.com" target="_blank">richard.beare@gmail.com</a>> wrote:</div><br><div><div dir="ltr"><div><div><div>This is a long shot, but lets try testing whether it is the R garbage collection causing issues. Modify the test so that every method call result is assigned to a different variable:<br><br></div>e.g.<br><br></div>a1 <- gaussian$SetVariance(2)<br><div style="margin:0px;font-size:10px;font-family:Monaco">a2 <- gaussian$AddCommand( 'sitkStartEvent',  f1 )</div><div><div style="margin:0px;font-size:10px;font-family:Monaco">a3 <- gaussian$AddCommand( 'sitkEndEvent', f2 )</div></div><br></div>I was running in a terminal on my mac, with an older version of R.<br><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 11, 2016 at 9:56 AM, Mathew Guilfoyle <span dir="ltr"><<a href="mailto:mrguilfoyle@gmail.com" target="_blank">mrguilfoyle@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Richard<div><br></div><div>It seems it must be something specific to my setup.  I ran your example and get the same hard abort in Rstudio.  Running the example in R.app I get the same error but a  somewhat more graceful crash with the following error message:</div><div><br></div><div><span><div><font face="Menlo">gaussian$AddCommand( 'sitkStartEvent',  f1 )</font></div><div><font face="Menlo"><br></font></div></span><div><font color="#ff2600" face="Menlo"> *** caught segfault ***</font></div><div><font color="#ff2600" face="Menlo">address 0x7ff511000080, cause 'memory not mapped'</font></div><div><font color="#ff2600" face="Menlo"><br></font></div><div><font color="#ff2600" face="Menlo">Traceback:</font></div><div><font color="#ff2600" face="Menlo"> 1: .Call("R_swig_ProcessObject_AddCommand", self, event, cmd, as.logical(.copy),     PACKAGE = "SimpleITK")</font></div><div><font color="#ff2600" face="Menlo"> 2: f(x, ...)</font></div><div><font color="#ff2600" face="Menlo"> 3: gaussian$AddCommand("sitkStartEvent", f1)</font></div><div><font color="#ff2600" face="Menlo"><br></font></div><div><font color="#ff2600" face="Menlo">Possible actions:</font></div><div><font color="#ff2600" face="Menlo">1: abort (with core dump, if enabled)</font></div><div><font color="#ff2600" face="Menlo">2: normal R exit</font></div><div><font color="#ff2600" face="Menlo">3: exit R without saving workspace</font></div><div><font color="#ff2600" face="Menlo">4: exit R saving workspace</font></div><div><br></div><div>I have tried the version of SimpleITK built without the version of SWIG you patched to correct the character argument error, again I get the same behaviour. </div><div><br></div><div>Bradley - I’m using the latest SimpleITK 0.9 source compiled using the super build on OS X 10.11.  I’ve done the build with the supplied SWIG and with a version patched by Richard and available here: <a href="https://github.com/richardbeare/swig.git" target="_blank">https://github.com/richardbeare/swig.git</a>.  I’m funning R 3.2.4 in Rstudio IDE.</div><div><div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><blockquote type="cite"><div>On 10 Apr 2016, at 23:17, Bradley Lowekamp <<a href="mailto:brad@lowekamp.net" target="_blank">brad@lowekamp.net</a>> wrote:</div><br><div><div>Hello,<br><br>I would like to know your environment. <br><br>What version of SimpleITK?  R? OS? Compiler? Did you use simpleITK's super build? If not what version of SWIG?<br><br>Thanks<br><br><blockquote type="cite">On Apr 10, 2016, at 9:46 AM, Mathew Guilfoyle <<a href="mailto:mrguilfoyle@gmail.com" target="_blank">mrguilfoyle@gmail.com</a>> wrote:<br><br>Richard<br><br>Thanks for the reply.  I hadn't appreciated that function being passed in the registration example was a closure.  However, in the FiterProgressReporting example it is not a closure.  <br><br>I have modified my code to be a closure but still get a crash/abort; I have also run the code in the examples themselves verbatim and get the same problem.<br><br>Any further ideas on how to get this working?<br><br>Cheers <br><br><br><blockquote type="cite">On 10 Apr 2016, at 02:10, Mathew Guilfoyle <<a href="mailto:mrguilfoyle@gmail.com" target="_blank">mrguilfoyle@gmail.com</a>> wrote:<br><br>There seems to be a problem with using the $AddCommand function to ImageRegistrationMethod objects in the R wrapping to SimpleITK.<br><br>Using R 3.2.4 on OS X 10.11<br><br>Example:<br><br>f <- function(x){print(x$GetMetricValue())}<br><br>registration = ImageRegistrationMethod()<br><br>registration$AddCommand(‘sitkIterationEvent’, f(registration))<br><br>This last line causes R to abort/hard crash (no error message).  This behaviour is irrespective of which event type I use or the function passed as the second argument (e.g. even something simple like print(‘Hello’))<br><br>The AddCommand method is inherited from the SimpleITK ProcessObject type.  Digging around in the SimpleITK.R file I can see that the ProcessObject$AddCommand method expects a second argument of type ‘_p_itk__simple__Command’.<br><br>There is a ‘Command’ method that generates a new object of type ‘_p_itk__simple__Command’.  If I pass this resulting object as the second argument to registration$AddCommand then I do not get an error.  However, there doesn’t seem to be any way to point the ‘_p_itk__simple__Command’ object to my function or otherwise convert my function to a ‘_p_itk__simple__Command’ type.<br><br>The $AddCommand method is used in a couple of example scripts on the SimpleITK site (using it for monitoring a registration and a filter e.g. <a href="https://github.com/SimpleITK/SimpleITK/blob/master/Examples/FilterProgressReporting.R" target="_blank">https://github.com/SimpleITK/SimpleITK/blob/master/Examples/FilterProgressReporting.R</a>) so I don’t know if it was working previously and a bug has been introduced more recently? (the example scripts cause the same error when I run them now)<br></blockquote><br>_____________________________________<br>Powered by <a href="http://www.kitware.com/" target="_blank">www.kitware.com</a><br><br>Visit other Kitware open-source projects at<br><a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br><br>Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br><a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br><br>Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br><a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br><br>Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br><a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users</a><br></blockquote></div></div></blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>
</div></blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>