<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hello,<br>

<br>

I am trying to rigidly align a group of landmarked samples.  I have calculated a rigid transformation matrix.  When I apply this to the sample (see code below) is sample is commonly clipped.  It seems like the transformation is pushing the sample out out its

 physically defined space and the data is lost.  How should I set things up to that large translations and rotations do not result in parts of the image being lost.<br>

<br>

<br>

<br>

<br>

<br>

<br>

<br>

affine_center = (0,0,0)<br>

affine_translation =translation<br>

<br>

affine_matrix =T.flatten(order='C')       <br>

affine = sitk.AffineTransform(affine_matrix, affine_translation, affine_center)<br>

<br>

imAffine = sitk.Resample(im, imRef, affine,sitk.sitkLinear, sitk.sitkUInt32)<br>

</div>

CONFIDENTIALITY NOTICE: This e-mail message, including any attachments, is for the sole use of the intended recipient(s) and may contain confidential and privileged information protected by law. Any unauthorized review, use, disclosure or distribution is prohibited.

 If you are not the intended recipient, please contact the sender by reply e-mail and destroy all copies of the original message.

</body>

</html>