<div dir="ltr">Thank you <span style="font-size:12.8px;white-space:nowrap">Dženan.</span><div><span style="font-size:12.8px;white-space:nowrap"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px;white-space:nowrap">I did some oversampling between slices to solve the problem, with the downside of making it much slower.<br><br></span></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 18 January 2016 at 21:26, Dženan Zukić <span dir="ltr"><<a href="mailto:dzenanz@gmail.com" target="_blank">dzenanz@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Joao,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">if you are doing Canny filtering in 3D and then looking at 2D slices, the edges are usually not 1 pixel thick. This is because edge for 3D is a surface, and when you slice that surface along anatomical axes the surface will not be orthogonal to the slices in most places. Where surface is orthogonal, you get nice 1 pixel wide intersections. Where surface is parallel to the slice, you get a sizable intersection surface.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Dženan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Mon, Jan 18, 2016 at 11:47 AM, Joao Ascenso <span dir="ltr"><<a href="mailto:j.ascenso@campus.fct.unl.pt" target="_blank">j.ascenso@campus.fct.unl.pt</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Hello,</span><div style="font-size:12.8px">I'm working on OCT images (DICOM volume) of the retina and trying to do the segmentation of some layers.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">After doing some noise reduction I'm applying the CannyEdgeDetectionImageFilter, but the result give me thicker edges than should be expected from Canny.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Changing thresholds influences the amount of edges detected but don't improve this issue.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Anyone have came across similar problem? Any suggestion is welcome.<br><br></div><div style="font-size:12.8px">Thank you, </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><div dir="ltr">João Ascenso</div></div><div><br></div>
</div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Community mailing list<br>
<a href="mailto:Community@itk.org" target="_blank">Community@itk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">João Ascenso<div><div><div><div><font size="1">Universidade Nova de Lisboa - Faculdade de Ciências e Tecnologias</font></div><div><font size="1">Mestrado Integrado em Engenharia <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;line-height:1.2em">Electrotécnica </span>e de Computadores</font></div><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div></div>
</div>