<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><div class="gmail_default">Hi Muhammad,</div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,sans-serif"><font face="verdana, sans-serif">after a quick glance at the source code, the class expects SetTissueClassStatistics() to be called, with arrays of mean values and standard deviations of tissues of interest. You should probably read the <a href="http://www.sci.utah.edu/~gerig/publications/TMI00-Styner-Bias.pdf">referenced paper</a> to figure out how to do that.</font></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,sans-serif"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,sans-serif"><font face="verdana, sans-serif">Regards</font></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 8, 2016 at 10:17 AM, Jawad, Muhammad <span dir="ltr"><<a href="mailto:m.jawad@jacobs-university.de" target="_blank">m.jawad@jacobs-university.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">it give error,<br>
<br>
itk::ExceptionObject (0044B814)<br>
Location: "unknown"<br>
File: c:\program files (x86)\itk\include\itk-4.7\itkMRIBiasFieldCorrectionFilter.hxx<br>
Line: 595<br>
Description: itk::ERROR: MRIBiasFieldCorrectionFilter(0952CD98): Tissue Class Means is empty<br>
<br>
Any one know the complete pipeline for this algorithm ?<br>
<span class=""><br>
--<br>
Muhammad Jawad<br>
PhD Student Computer Science<br>
School of Engineering and Science<br>
<br>
Telephone: <a href="tel:%2B49%20421%20200-3182" value="+494212003182">+49 421 200-3182</a><br>
Fax: <a href="tel:%2B49%20421%20200-3103" value="+494212003103">+49 421 200-3103</a><br>
Office: Research I, Room 119<br>
<br>
Mailing Address:<br>
Jacobs University Bremen gGmbH<br>
Campus Ring 1<br>
28759 Bremen<br>
Germany<br>
________________________________________<br>
</span>From: Jawad, Muhammad<br>
Sent: Friday, January 08, 2016 4:12 PM<br>
To: Dženan Zukić<br>
Cc: <a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a><br>
Subject: RE: [ITK-users] itk::MRIBiasFieldCorrectionFilter<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Dear Dženan<br>
<br>
I tried in this way but it is not working.<br>
<br>
As itk::MRIBiasFieldCorrectionFilter< TInputImage, TOutputImage, TMaskImage > take three arguments,<br>
<br>
How we define the mask image ?<br>
<br>
--<br>
Muhammad Jawad<br>
PhD Student Computer Science<br>
School of Engineering and Science<br>
<br>
Telephone: <a href="tel:%2B49%20421%20200-3182" value="+494212003182">+49 421 200-3182</a><br>
Fax: <a href="tel:%2B49%20421%20200-3103" value="+494212003103">+49 421 200-3103</a><br>
Office: Research I, Room 119<br>
<br>
Mailing Address:<br>
Jacobs University Bremen gGmbH<br>
Campus Ring 1<br>
28759 Bremen<br>
Germany<br>
________________________________________<br>
From: Dženan Zukić [<a href="mailto:dzenanz@gmail.com">dzenanz@gmail.com</a>]<br>
Sent: Friday, January 08, 2016 2:12 PM<br>
To: Jawad, Muhammad<br>
Cc: <a href="mailto:insight-users@itk.org">insight-users@itk.org</a><br>
Subject: Re: [ITK-users] itk::MRIBiasFieldCorrectionFilter<br>
<br>
Hi Muhammad,<br>
<br>
it looks to be a case of the simplest 1 input 1 output filter. Pseudocode:<br>
<br>
read3Dimage();<br>
MRIbfcFilter->SetInput(image3D);<br>
MRIbfcFilter->Update();<br>
corrected3Dimage=MRIbfcFilter->GetOutput();<br>
<br>
HTH,<br>
Dženan (جنان)<br>
<br>
On Wed, Jan 6, 2016 at 8:25 AM, Jawad, Muhammad <<a href="mailto:m.jawad@jacobs-university.de">m.jawad@jacobs-university.de</a><mailto:<a href="mailto:m.jawad@jacobs-university.de">m.jawad@jacobs-university.de</a>>> wrote:<br>
<br>
Dear Itk User,<br>
<br>
I am looking for some example about the usage pipeline of itk::MRIBiasFieldCorrectionFilter for dicom images.<br>
<br>
If some body know or has already worked on it, kinldy share it by the toy example.<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Muhammad Jawad<br>
_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><<a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com</a>><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>