<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi Jan,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">that sounds like some silly simple mistake. If you provided a short compilable example with the accompanying input, somebody will probably be able to point out the problem.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Dženan</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Dec 27, 2015 at 10:20 AM, Jan Witowski <span dir="ltr"><<a href="mailto:jan.witowski@student.uj.edu.pl" target="_blank">jan.witowski@student.uj.edu.pl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div style="word-wrap:break-word">
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
Hello,</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
<br>
</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
I am working with CT abdomen images and trying to segmentate the liver (liver itself, vessels and the HCC tumor). I managed to do it using OsiriX which was rather manual segmentation, and now I am working to do the same using more accurate and semi-automatic
 algorithms with usage of SimpleITK. I don’t really have much experience with ITK and image manipulation which is why I ask you guys for some help.</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
<br>
</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
Currently, I want to try the watershed method. I loaded my DICOM series, ran the GradientMagnitude filter and proceeded with MorphologicalWatershed (using arg Level=17, value chosen manually). I got pretty nice output image, I guess:</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
<a href="http://jwitowski.com/content/images/2015/12/WSsegmentation-4469-0.jpg" target="_blank">http://jwitowski.com/content/images/2015/12/WSsegmentation-4469-0.jpg</a></div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
<br>
</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
But now, the question is - how do I take that liver out of the image above? My best guess is, I should run a region growing segmentation.</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
I tried to do that, but - no matter what parameters I choose - I always get the all-black image as an output. The whole image is black. I tried different thresholds and other starting seeds, but… no result.</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
Here is a gist of my segmentation part:</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
<a href="https://gist.github.com/jwitos/4b953b3ef873fee3965c" target="_blank">https://gist.github.com/jwitos/4b953b3ef873fee3965c</a></div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
<br>
</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
I would really appreciate any help or tip</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
<br>
</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
<br>
</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
Best,</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
Jan Witowski</div>
<div style="font-family:Helvetica,Arial;font-size:13px;color:rgba(0,0,0,1.0);margin:0px;line-height:auto">
Collegium Medicum Jagiellonian University in Krakow</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Community mailing list<br>
<a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>