
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"><!-- P {margin-top:0;margin-bottom:0;} --></style>

</head>

<body dir="ltr">

<div id="divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">

<p>Hello,</p>

<p><br>

</p>

<p>I am trying to extract RT structure files into Niftii maps using the program found at <a href="http://www.insight-journal.org/browse/publication/887" id="LPlnk513712" title="http://www.insight-journal.org/browse/publication/887

Cmd+Click or tap to follow the link">http://www.insight-journal.org/browse/publication/887</a>.</p>

<p><br>

</p>

<p>I have compiled it, and it runs successfully with the test data, yielding correct masks.  I then tried to run it on data given to me by a colleague.  The output shows there are some negative slice indexes such as:</p>

<p><br>

</p>

<p></p>

<p class="p1">Inserting region with 551 points into slice: -122</p>

<br>

<p></p>

<p>It also complains about contour points being outside the boundary, probably due to the negative indexes.</p>

<p><br>

</p>

<p>I am attaching the output.  I am not completely sure I can attach the RT file yet, as it is actual patient data.  I can find out and do so if that helps.  I don't know anything about RT structure files yet.  Does anyone have ideas of what I can tell my colleague

 who generated the files?</p>

<p><br>

</p>

<p>Thanks,</p>

<p>Jared</p>

<br>

</div>

</body>

</html>