<div dir="ltr"><span style="font-size:13px">Hello all,</span><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">I am trying to reconstruct a 3D model of the liver from an MRI of a patient with hepatocellular carcinoma. I have been able to obtain satisfactory segmentations using the geodesic active contour method in SimpleITK, but only when operating on a single slice at a time. When I tried extending the method to 3D by working with a series of image slices at once, the segmentation seems to fail. The initial level set propagates beyond the boundaries of the liver in a few slices, while in another slice it doesn't move at all. I did not have these issues in the 2D case.</div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">My work is done in an IPython notebook which can be found here:</div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px"><a href="https://nbviewer.jupyter.org/github/jon-young/medicalimage/blob/master/Liver%20Segmentation%203D.ipynb" target="_blank">https://nbviewer.jupyter.org/github/jon-young/medicalimage/blob/master/Liver%20Segmentation%203D.ipynb</a><br></div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">At the bottom of the notebook, displaying the result of the segmentation shows the problems I described above. I don't think it is a matter of the number of iterations being run, as with fewer iterations the same issues occur. Could the problem stem from the way I've setup the initial level set? If anyone could take a look to see what I've done wrong, I would greatly appreciate it.</div><div style="font-size:13px"><br></div><div style="font-size:13px">Thanks,</div><div style="font-size:13px">Jonathan</div><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><font face="georgia, serif">Jonathan Young</font></div><div><font face="georgia, serif">Graduate Research Assistant, Laboratory of Edward M. Marcotte</font></div><div><font face="georgia, serif">Center for Systems and Synthetic Biology</font></div><div><font face="georgia, serif">The University of Texas at Austin</font></div><div><font face="georgia, serif">2500 Speedway, MBB 3.128, Austin, TX 78712</font></div><div><font face="georgia, serif">(512) 232-3919</font></div></div></div>
</div>