<div dir="ltr">Hey Dominik,<div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><span class="">> A new transformation can often be avoided by calling SetWeights() on the<br>
> optimizer as explained here [1]. This can be used to hold parameters<br>
> constant for a given transform during the optimization process.<br>
><br>
> However, it sounds like goal is to limit registration to information from<br>
> a particular region in the image (the urethra). To achieve this goal, you<br>
> may consider setting the Fixed and Moving image masks on the metric as<br>
> described here [2].<br>
<br>
</span>I'm already using registration masks on the prostate itself to exclude the<br>
surrounding tissue. However, the registration is always a bit off because in<br>
the result the urethras are not in the same place. In the histology the<br>
urethra is more or less a point and in the MRI the urethra is like a vector<br>
(well actually it is more like a curve). So I'd like the transformation to<br>
edit it in a way that the point follows that curve. I hope my explanation is<br>
not too confusing :)<br></blockquote><div><br></div><div>In this case, an approach that uses the corresponding fiducials with the LandmarkBasedTransformInitializer:</div><div><br></div><div>  <a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1LandmarkBasedTransformInitializer.html">http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1LandmarkBasedTransformInitializer.html</a></div><div><br></div><div>or a registration that combines a point set metric in a multi-metric may be helpful.</div><div><br></div><div>  <a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1PointSetToPointSetMetricv4.html">http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1PointSetToPointSetMetricv4.html</a></div><div><br></div><div>  </div><div><a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ObjectToObjectMultiMetricv4.html">http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ObjectToObjectMultiMetricv4.html</a><br></div><div> </div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><span class="">
> If every histology slice is registered independently, when they are merged<br>
> together there will be gaps and overlap in the histology slice locations.<br>
> Therefore, if a histology volume is desired, the histology slices could be<br>
> registered to each other first to generate a single histology slice<br>
> volume, then that volume is registered to the MRI volume.<br>
<br>
</span>The histology slices all have a certain distance to each other (and are not<br>
even parallel I think), so I think gaps in the merged volume are desirable.<br>
Therefore I can't just stack them.<br></blockquote><div><br></div><div>As Andras mentioned in another thread, this is a hard problem. A basic first step could add images together generated with ResampleImageFilter.  The volume reconstruction executable available in PlusLib is also nice.</div><div><br></div><div>HTH,</div><div>Matt </div></div></div></div>