<p dir="ltr">Hi Marina,<br>
Did you compile in release mode or debug?<br>
Regards,</p>
<p dir="ltr">Matias</p>
<div class="gmail_quote">On Sep 14, 2015 7:56 PM, "Marina Bendersky" <<a href="mailto:marina.bendersky@gmail.com">marina.bendersky@gmail.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
<br>
I'm doing a 3D registration of 2 CT volumes (the fixed one contains<br>
131 dicom images and the moving has 145 dicom images).<br>
<br>
I first converted each dicom series into one mha volume, using the<br>
example DicomSeriesReadImageWrite2.cxx and then, I do the registration<br>
following the example imageRegistration20.cxx. Below are the main<br>
registration components and parameters (other parameters had their<br>
default values):<br>
<br>
typedef itk::AffineTransform< double, Dimension  >  TransformType;<br>
typedef itk::RegularStepGradientDescentOptimizer     OptimizerType;<br>
typedef itk::MeanSquaresImageToImageMetric< FixedImageType,<br>
MovingImageType >  MetricType;<br>
typedef itk::LinearInterpolateImageFunction< MovingImageType, double ><br>
 InterpolatorType;<br>
<br>
double translationScale = 1.0 / 1000.0;<br>
optimizer->SetMaximumStepLength( 0.05 );<br>
optimizer->SetMinimumStepLength( 0.01 );<br>
<br>
<br>
This 3D registration runs on a MacBookPro laptop for 5.5 hours, so I<br>
was wondering, is this "normal"? How long should a 3D registration<br>
take?<br>
<br>
Also, the MSE metric keeps decreasing (though incrementally) even<br>
after 300 iterations (plot attached), and there are oscillations<br>
around the iteration 150 (I ran this twice and both times I get this<br>
plot!) - why could this be?<br>
<br>
Should I expect the MSE metric to converge to 0, or something closer<br>
to 0 (instead of the current values, in the ninety thousands...)?<br>
<br>
Thank you for your help,<br>
Marina<br>
<br>_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br></blockquote></div>