<div dir="ltr">Matt, and Bradly, thanks for your answers. Unfortunately the suggested solutions are not good for me...:(<div>My mask basically the brain, without the skull. If I set the non-masked pixels to 0, those 0-s still will be used during the smoothing --> the boundary of the brain will be "darker". If i smooth the whole image and then crop --> the boundary of the brain will be "lighter", because of the high bone intensities. That's why i want that the computation only use the masked values. Any suggestions for this particular problem ?</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Andras</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-09-14 16:34 GMT+02:00 Bradley Lowekamp <span dir="ltr"><<a href="mailto:blowekamp@mail.nih.gov" target="_blank">blowekamp@mail.nih.gov</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hello,<div><br></div><div>Why is cropping the masked region from the smoothed not good?</div><div><br></div><div>What do you expect he boundary condition around the mask to be? You could set the non-masked pixels to zero, and then run the smoothing on the whole image or a crop/ROI of the image?</div><div><br></div><div>Brad</div><div><br><div><div><div class="h5"><div>On Sep 14, 2015, at 3:12 AM, András, Osztroluczki <<a href="mailto:andras.osztroluczki@gmail.com" target="_blank">andras.osztroluczki@gmail.com</a>> wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Dear ITK users,</span><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Is there a way to perform smoothing (for example with: RecursiveGaussianImageFilter) under a masked region only (e.g.: the computation only use those pixel values which are marked by the mask).</div><div style="font-size:12.8px">Smoothing the whole image and crop the masked region from the smoothed image is not good for me unfortunately.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Thanks,</div><div style="font-size:12.8px">Andras</div></div></div></div><span class="">
_______________________________________________<br>Community mailing list<br><a href="mailto:Community@itk.org" target="_blank">Community@itk.org</a><br><a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community</a><br></span></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br></div>