<div dir="ltr">Thanks, Brad!  I ended up copying the CMakeCache.txt, modifying it to remove all the Anaconda dependencies, and building it against the source inside my virtualenv.  Here's how I did it:<div><br></div><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div><div><font face="monospace, monospace">$ workon <my_env></font></div></div><div><div><font face="monospace, monospace">$ mkdir -p $VIRTUAL_ENV/build/SimpleITK-build</font></div></div><div><div><font face="monospace, monospace">$ cd $VIRTUAL_ENV/build/SimpleITK-build</font></div></div><div><div><font face="monospace, monospace">$ cp /path/to/past/SimpleITK-build/CMakeCache.txt .</font></div></div><div><div><font face="monospace, monospace">$ ccmake . \</font></div></div><div><font face="monospace, monospace">-DCMAKE_C_COMPILER:STRING=/usr/bin/clang \</font></div><div><font face="monospace, monospace">-DCMAKE_CXX_COMPILER:STRING=/usr/bin/clang++ \</font></div><div><font face="monospace, monospace">-DCMAKE_ARCHIVE_OUTPUT_DIRECTORY:PATH=${VIRTUAL_ENV} \</font></div><div><font face="monospace, monospace">-DCMAKE_BUNDLE_OUTPUT_DIRECTORY:PATH=${VIRTUAL_ENV} \</font></div><div><font face="monospace, monospace">-DCMAKE_LIBRARY_OUTPUT_DIRECTORY:PATH=${VIRTUAL_ENV}/lib \</font></div><div><font face="monospace, monospace">-DCMAKE_RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY:PATH=${VIRTUAL_ENV}/bin \</font></div><div><font face="monospace, monospace">-DCMAKE_INSTALL_PREFIX:PATH=${VIRTUAL_ENV} \</font></div><div><font face="monospace, monospace">-DPYTHON_EXECUTABLE:PATH=$(which python) \</font></div><div><font face="monospace, monospace">-DPYTHON_LIBRARY:PATH=/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Python \</font></div><div><font face="monospace, monospace">-DPYTHON_INCLUDE_DIR:PATH=/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7 \</font></div><div><font face="monospace, monospace">-DPYTHON_INCLUDE_DIRS:PATH=/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7</font></div></blockquote><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div><font face="monospace, monospace">$ make</font></div><div><font face="monospace, monospace">$ make install/local</font></div></blockquote><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">I found that I had to set both the PYTHON_INCLUDE_DIR(S) variables, but other than that there weren't any hiccups.</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Cheers,<div>Dave</div></div></div></div></div></div>