<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div>Hello everybody,</div><div><br></div><div>I am trying to set up a minimal working example using <a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1fem_1_1FEMRegistrationFilter.html#a62cec3e4481ea425046e6e2d9f71e674" target="_blank">itkFEMRegistrationFilte</a>r.The idea is to simplify <a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/Examples_2RegistrationITKv4_2DeformableRegistration1_8cxx-example.html" target="_blank">DeformableRegistration1</a>.</div><div><br></div><div>I am using ITK 4.7.1 under Windows 7 with MinGW32 and I have read the following documentation:</div><div><ol><li>ITK Software guide - Design and functionality (page 267);</li><li>ITK ppt on FEM (<a href="http://www.itk.org/CourseWare/Training/NonRigidRegistrationMethods" target="_blank">here</a>);</li></ol><div>Anyhow, I still do not quite understand how DeformableRegistration1 works.</div></div><div><ol><li>citing from the documentation: <i>"<font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="color:rgb(0,0,0);line-height:22px">To use this filter the user will at a minimum set the Fixed and Moving images. If the user does not specify a mesh using the </span><a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1fem_1_1FEMRegistrationFilter.html#a4d27383fe91a76c385c3684f96a63934" style="font-weight:bold;line-height:22px" target="_blank"><font color="#666666">SetInputFEMObject()</font></a><span style="line-height:22px"><font color="#666666"> </font><font color="#000000">then a mesh will be created automatically of the appropriate type (2d=quads and 3d=hex).</font></span></font>"  </i>I have tried with no success running this code (it compiles but crashes):<span style="color:rgb(128,128,128)"> </span><font color="#000000"> </font></li><ul><li><span style="color:rgb(0,0,0)">registrationFilter->SetFixedIm</span><span style="color:rgb(0,0,0)">age(fixedImageReader->GetOutpu</span><span style="color:rgb(0,0,0)">t());</span></li><li><span style="color:rgb(0,0,0)">registrationFilter->SetMovingI</span><span style="color:rgb(0,0,0)">mage(movingImageReader->GetOut</span><span style="color:rgb(0,0,0)">put());</span></li><li><span style="color:rgb(0,0,0)">registrationFilter->RunRegistr</span><span style="color:rgb(0,0,0)">ation();</span></li></ul><li><font color="#000000">why the basic examples has to pass through image reading, image intensity re-scaling, image re-reading and image registration? Is this required to run FEM registration?</font></li><li><font color="#000000">is there a place where I could find more documentation and tutorials on FEM registration?</font></li></ol><div><font color="#000000"><br></font></div><div><font color="#000000">Thanks,</font></div><div><font color="#000000"><br></font></div><div><font color="#000000">Luigi</font></div><div><font color="#000000"><br></font></div></div><div><div> </div></div></div>
</div><br></div>