<div dir="ltr"><div><div><div>Hello Matt,<br><br></div>I'm using Python 2.7.6.  I'll see whether I have better luck with a different build later.<br><br></div>Thanks,<br></div>Evan Kao<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Apr 4, 2015 at 7:25 PM, Matt McCormick <span dir="ltr"><<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Evan,<br>
<br>
Thanks for your persistance and sharing your experiences with the list!<br>
<br>
To answer a previous question, it should not take so long to build the<br>
wrapping. Using the Ninja generator, wrapping is built on the<br>
dashboard in under 2 hours, including all the tests. To speed things<br>
up, try disabling BUILD_TESTING and BUILD_EXAMPLES.  Also parallelize<br>
your build as described here [1].<br>
<br>
What version of Python are you using?<br>
<br>
Thanks,<br>
Matt<br>
<br>
[1] <a href="http://www.kitware.com/blog/home/post/434" target="_blank">http://www.kitware.com/blog/home/post/434</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Sat, Apr 4, 2015 at 4:19 AM, Evan Kao <<a href="mailto:tossin@gmail.com">tossin@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi itk-users,<br>
><br>
> I'm still having a lot of trouble importing ITK into Python.  If I add the<br>
> following paths (specified in WrapITK.pth) to PYTHONPATH:<br>
><br>
> ..\lib\Release<br>
> ..\Wrapping\Generators\Python\Release<br>
><br>
> and ..\bin\Release to PATH, then attempt to import itk, I get the following<br>
> error:<br>
><br>
>> Traceback (most recent call last):<br>
>>   File "<console>", line 2, in <module><br>
>>   File "L:\git\ITK-build\Wrapping\Generators\Python\Release\itk.py", line<br>
>> 54, in <module><br>
>>     itkBase.LoadModule(module, thisModule.__dict__)<br>
>>   File "L:\git\ITK-build\Wrapping\Generators\Python\Release\itkBase.py",<br>
>> line 53, in LoadModule<br>
>>     swig.__dict__.update(this_module.swig.__dict__)<br>
>> AttributeError: 'module' object has no attribute 'swig'<br>
><br>
><br>
> If in itkConfig.py I set LazyLoading = False, and attempt to import itk, I<br>
> get:<br>
><br>
>> Traceback (most recent call last):<br>
>>   File "<stdin>", line 1, in <module><br>
>>   File "L:\git\ITK-build\Wrapping\Generators\Python\Release\itk.py", line<br>
>> 54, in <module><br>
>>     itkBase.LoadModule(module, thisModule.__dict__)<br>
>>   File "L:\git\ITK-build\Wrapping\Generators\Python\Release\itkBase.py",<br>
>> line 108, in LoadModule<br>
>>     LoadModule(dep, namespace)<br>
>>   File "L:\git\ITK-build\Wrapping\Generators\Python\Release\itkBase.py",<br>
>> line 108, in LoadModule<br>
>>     LoadModule(dep, namespace)<br>
>>   File "L:\git\ITK-build\Wrapping\Generators\Python\Release\itkBase.py",<br>
>> line 108, in LoadModule<br>
>>     LoadModule(dep, namespace)<br>
>>   File "L:\git\ITK-build\Wrapping\Generators\Python\Release\itkBase.py",<br>
>> line 108, in LoadModule<br>
>>     LoadModule(dep, namespace)<br>
>>   File "L:\git\ITK-build\Wrapping\Generators\Python\Release\itkBase.py",<br>
>> line 118, in LoadModule<br>
>>     module = loader.load(swigModuleName)<br>
>>   File "L:\git\ITK-build\Wrapping\Generators\Python\Release\itkBase.py",<br>
>> line 225, in load<br>
>>     fp, pathname, description = imp.find_module(name)<br>
>> ImportError: No module named ITKPyBasePython<br>
><br>
><br>
> So it seems like it can't find the python modules.  So I tried adding ..\lib<br>
> to the PYTHONPATH and then imported itk and no errors appeared.  However if<br>
> I try instantiating a class, I get:<br>
><br>
>> Traceback (most recent call last):<br>
>>   File "<stdin>", line 1, in <module><br>
>> TypeError: 'itkTemplate' object is not callable<br>
><br>
><br>
> Anybody have any ideas on what's going on?  Or suggestions on how to<br>
> proceed?<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Evan Kao<br>
><br>
> On Sun, Mar 22, 2015 at 12:19 AM, Evan Kao <<a href="mailto:tossin@gmail.com">tossin@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hello Bradley,<br>
>><br>
>> Regarding registration, I'm just exploring options right now.  It seems<br>
>> like SimpleITK 0.9b is the way to go then.<br>
>><br>
>> I still attempted to build ITK 4.8 with python-wrapping on and a few<br>
>> additional optional modules that I turned on mainly because they sounded<br>
>> interesting (ITKConfig.cmake attached for reference) with Visual Studio<br>
>> 2013/ver 12.  The build took about 12 hours (is that normal?) and seems to<br>
>> have mostly succeeded other than a few errors in the optional modules (I<br>
>> think they were in BridgeNumpy and VariationalRegistration).<br>
>><br>
>> However I'm having some trouble using itk in python (same as the one<br>
>> described here).  I've tried adding the WrapITK.pth file to site-packages as<br>
>> well as directly adding both of the paths specified in WrapITK.pth directly<br>
>> to the PYTHONPATH, but keep getting "AttributeError: 'module' object has no<br>
>> attribute 'swig' " every time I attempt to use a filter.  Do you know how to<br>
>> fix the issue?<br>
>><br>
>> Thanks,<br>
>> Evan Kao<br>
>><br>
>> On Sat, Mar 21, 2015 at 8:29 AM, Bradley Lowekamp <<a href="mailto:blowekamp@mail.nih.gov">blowekamp@mail.nih.gov</a>><br>
>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Hello,<br>
>>><br>
>>> WrapITK has recently been upgraded to use CastXML ( clang based ),<br>
>>> instead of GCCXML. This appears to now be working MS VS12 ( aka Visual<br>
>>> Studio 2013?) windows compiler[1]. This is relatively new and it would be<br>
>>> great if you can checkout ITK master and try to build it and report how it<br>
>>> works for you. The wiki hasn't been updated with this latest bit of<br>
>>> information.<br>
>>><br>
>>> However please keep in mind that WrapITK does not contain 100% of ITK and<br>
>>> not 100% of Registration. For example it does contain the ITKv3<br>
>>> ImageRegistationMethod however it doest not contain the new ITKv4<br>
>>> ImageRegistration method or frame work. With effort this thing can be<br>
>>> wrapped.<br>
>>><br>
>>> If you have to resort to SimpleITK, you will find the binaries for<br>
>>> window64 readily available from the nightly dashboard[2]. The best place to<br>
>>> check if SimpleITK has the registration methods you need would be the<br>
>>> doxygen[3]. It contains the ITKv4 Registration framework, as well as some<br>
>>> legacy image registration filter. The frame work is capable of affines,<br>
>>> bspline, and displacement transforms and many nice feature of the ITKv4<br>
>>> framework.<br>
>>><br>
>>> Do you have a specific registration method you are looking to do? or just<br>
>>> explore some options?<br>
>>><br>
>>> Brad<br>
>>><br>
>>> [1] <a href="https://open.cdash.org/buildSummary.php?buildid=3738598" target="_blank">https://open.cdash.org/buildSummary.php?buildid=3738598</a><br>
>>> [2] <a href="http://www.itk.org/Wiki/SimpleITK/GettingStarted#Nightly_binaries" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/SimpleITK/GettingStarted#Nightly_binaries</a><br>
>>> [3] <a href="http://www.itk.org/SimpleITKDoxygen/html/classes.html" target="_blank">http://www.itk.org/SimpleITKDoxygen/html/classes.html</a><br>
>>><br>
>>> On Mar 21, 2015, at 3:17 AM, Evan Kao <<a href="mailto:tossin@gmail.com">tossin@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Hello itk-users,<br>
>>><br>
>>> I'd like to use ITK features in python that don't seem to be implemented<br>
>>> in the latest stable release of SimpleITK, like image registration and<br>
>>> quadmesh filters.  However, looking around the internet, several sources<br>
>>> (like the Wiki, this thread from about 5 months ago, or this site) seem to<br>
>>> suggest building WrapITK isn't possible on a 64-bit machine due to conflict<br>
>>> between GCCXML and any Visual Studio beyond 2008 (and VS2008 64-bit<br>
>>> apparently only comes with the professional edition, which I'm not even sure<br>
>>> is available or worth obtaining).  The Wiki also suggests mingw64 is also<br>
>>> not viable.  Is this still the case?   Is there anyway to use ITK with<br>
>>> python on a 64-bit machine?<br>
>>><br>
>>> If I have to resort to the latest nightly binary of SimpleITK for image<br>
>>> registration, does it include all the registration methods available in ITK?<br>
>>><br>
>>> Thanks,<br>
>>> Evan Kao<br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> Community mailing list<br>
>>> <a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
>>> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community</a><br>
>>><br>
>>><br>
>><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Community mailing list<br>
> <a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community</a><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>