<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi Michael,<br><div><br></div>When you get InvalidRequestedRegionError on a series after the first, it strongly suggests series skew. In the dead-A.ome.tiff, series 2 is larger (more planes) than series 1, and series 3 is smaller than series 2. So it seems that at some point in the workflow the requested region is not matching the current series... which doesn't cause any errors until the region size decreases from one series to the next.<br><br></div>Note that without the intermediate Update() call on the Image, the program will iterate successfully through the entire dataset. So it's the intermediate Update() that's exposing this problem. I assume you do not actually need it, since calling Update() on the writer will trigger the whole pipeline and you can then extract the intermediate image.<br><br></div>On the other hand, I also assume you should be able to do incremental Update() calls, but I have no idea why it's not working with the SCIFIOImageIO. Perhaps someone else in the ITK community sees an error in usage of the ITK API?<br><br></div>Otherwise I would suggest inspecting the <a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ImageBase.html#a14769ccb89e9830f8128e09bf022b174">requested region</a> of various components at each series. A quick check of the Writer's region shows it changing at each series appropriately. However, the region of your image with intermediate updates never changes... but I don't really understand why (since it's also downstream of the reader).<br><br></div>Sorry I can't be of more help,<br>Mark<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 28, 2014 at 2:49 PM, Michael Meuli <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael.meuli@gmail.com" target="_blank">michael.meuli@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi all<br>
<br>
If I modify the RunTest() function in itkSCIFIOImageIOTest.cxx just a<br>
little bit to<br>
get hold of the image for processing it, I get the following error<br>
which appears, depending on the file, after a<br>
certain number of series were processed with the following error:<br>
<br>
terminate called after throwing an instance of<br>
'itk::InvalidRequestedRegionError'<br>
  what():  /home/michael/bioimage/itk/itk-master/InsightToolkit/Modules/Core/Common/src/itkDataObject.cxx:393:<br>
Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.<br>
Aborted (core dumped)<br>
<br>
In case of dead-A.ome.tiff after processing the first two series.<br>
<br>
Please find attached the runnable code.<br>
The file dead-A.ome.tiff can be found here:<br>
<a href="https://www.dropbox.com/sh/t2z0f4jttcnfh8s/AADq21HNR7EwH1JFxskhXXhea" target="_blank">https://www.dropbox.com/sh/t2z0f4jttcnfh8s/AADq21HNR7EwH1JFxskhXXhea</a><br>
in the folder ome-tiff-files/5.0.5<br>
<br>
Googling for the poblem I found the following about the Update() fuction:<br>
<a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ProcessObject.html#a4041fb21e9105500eee311e265691bd5" target="_blank">http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ProcessObject.html#a4041fb21e9105500eee311e265691bd5</a><br>
I don't really understand it but I've tried<br>
UpdateLargestPossibleRegion() instead of Update() but the complier<br>
didn't eat it.<br>
<br>
Many thanks and best regards<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Michael<br>
</font></span><br>_______________________________________________<br>
Community mailing list<br>
<a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>