<div dir="ltr">Hi all.<div><br></div><div>Just wanted to let you know I solved the problem for 2D by doing the next:</div><div><br></div><div>Arrange the white pixels in clockwise order</div><div>  1. Calculate the centroid of the region define by the white pixels</div><div>  2. Calculate the angle between the white pixels and the centroid using atan2( )</div><div>  3. Sort the white pixels in clockwise order.</div><div><br></div><div>Draw a line between the pixels to fill the gap between points to obtain a closed contour</div><div>  1. Using LineIterator to draw lines between the clockwise ordered points</div><div><br></div><div>Fill the region inside the close contour.</div><div> 1. Using GrayScaleFillholeImageFilter.</div><div><br></div><div>I don´t know if this is a nice solution but it works for now.</div><div><br></div><div>I will try to use this approach for 3D images, processing them slice by slice. I think I can use the itkSliceBySliceImageFilter, since I create an itk filter that outputs the closed contour image, but I don´t know if this is going to work.</div><div><br></div><div>If any one have any advice on this matter it would be appreciated.</div><div><br></div><div>Greetings  </div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 7, 2014 at 4:08 PM, Gib Bogle <span dir="ltr"><<a href="mailto:g.bogle@auckland.ac.nz" target="_blank">g.bogle@auckland.ac.nz</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Maybe there is a way to use a rolling ball.  Richard Beare has some morphological filters that might be applicable, but I think it will always be a bit complicated.<br>
<div style="font-family:Times New Roman;color:#000000;font-size:16px">
<hr>
<div style="direction:ltr"><font color="#000000" face="Tahoma"><b>From:</b> Fabian Torres [<a href="mailto:dae.wong@gmail.com" target="_blank">dae.wong@gmail.com</a>]<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, 7 October 2014 9:05 p.m.<br>
<b>To:</b> Gib Bogle<br>
<b>Cc:</b> insight-users<div><div class="h5"><br>
<b>Subject:</b> Re: [ITK-users] region inside points<br>
</div></div></font><br>
</div><div><div class="h5">
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">Hi Gib.
<div><br>
<div>Thanks for the quick response. The problem of using dilation and skeletonization is that some times the gap between pixels is big, and I will have to work with different and big structural elements to be sure that all the gaps were eliminated.</div>
<div><br>
</div>
<div>I was hoping to find a class that works similar to a convex hull (it does not have to be convex) algorithm and then find the region surrounded by the hull.</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks</div>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Oct 7, 2014 at 3:46 PM, Gib Bogle <span dir="ltr">
<<a href="mailto:g.bogle@auckland.ac.nz" target="_blank">g.bogle@auckland.ac.nz</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Sorry, I misread your post Fabian - I read it as you wanting the region _surrounding_ the white pixels.  But dilate might be usable to fill the gaps, followed by skeletonization.<br>
<div style="font-family:Times New Roman;color:#000000;font-size:16px">
<hr>
<div style="direction:ltr"><font color="#000000" face="Tahoma"><b>From:</b> Insight-users [<a href="mailto:insight-users-bounces@itk.org" target="_blank">insight-users-bounces@itk.org</a>] on behalf of Gib Bogle [<a href="mailto:g.bogle@auckland.ac.nz" target="_blank">g.bogle@auckland.ac.nz</a>]<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, 7 October 2014 8:40 p.m.<br>
<b>To:</b> Fabian Torres; insight-users<br>
<b>Subject:</b> Re: [ITK-users] region inside points<br>
</font><br>
</div>
<div>
<div>
<div></div>
<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Maybe you could do something with BinaryImageDilateFilter.<br>
<div style="font-family:Times New Roman;color:#000000;font-size:16px">
<hr>
<div style="direction:ltr"><font color="#000000" face="Tahoma"><b>From:</b> Insight-users [<a href="mailto:insight-users-bounces@itk.org" target="_blank">insight-users-bounces@itk.org</a>] on behalf of Fabian Torres [<a href="mailto:dae.wong@gmail.com" target="_blank">dae.wong@gmail.com</a>]<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, 7 October 2014 8:38 p.m.<br>
<b>To:</b> insight-users<br>
<b>Subject:</b> [ITK-users] region inside points<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">
<div><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">Hi all.</span>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px"><br>
</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">I have an image that represents some pixels over the surface of an object. Pixels in the surface have value of 1 while any other pixel has value of 0. </div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">The pixels are not a continuous line, there are some gaps between pixels. I want to know the region surrounded by the white pixels in my image.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px"><br>
</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">I will be working with 2D and 3D data. Is there any class implemented in ITK that I can use?</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px"><br>
</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8000001907349px">Thanks </div>
</div>
-- <br>
Fabián Torres Robles<br>
Maestria en Ciencias en Ingeniería Electrónica<br>
Ingeniería en Sistemas Electrónicos<br>
tel. 58081280, 0445534661338<br>
e-mail <a href="mailto:fabian.trobles@gmail.com" target="_blank">fabian.trobles@gmail.com</a>,
<a href="mailto:dae.wong@gmail.com" target="_blank">dae.wong@gmail.com</a> 
<div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
Fabián Torres Robles<br>
Maestria en Ciencias en Ingeniería Electrónica<br>
Ingeniería en Sistemas Electrónicos<br>
tel. 58081280, 0445534661338<br>
e-mail <a href="mailto:fabian.trobles@gmail.com" target="_blank">fabian.trobles@gmail.com</a>,
<a href="mailto:dae.wong@gmail.com" target="_blank">dae.wong@gmail.com</a> 
<div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%">
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Fabián Torres Robles<br>Maestria en Ciencias en Ingeniería Electrónica<br>Ingeniería en Sistemas Electrónicos<br>tel. 58081280, 0445534661338<br>e-mail <a href="mailto:fabian.trobles@gmail.com" target="_blank">fabian.trobles@gmail.com</a>, <a href="mailto:dae.wong@gmail.com" target="_blank">dae.wong@gmail.com</a>  <div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%"></div>
</div></div>