<p dir="ltr">Thanks. But than it would be nice if I could set the value of a new attribute to the ShapeLabelObject. I found AttributeLabelObject which could work but that's not what I get from BinaryImageToShapeLabelMapFilter...<br>

Might make more sense to just compute the new image myself?</p>
<p dir="ltr">Best regards<br>
Michael<br>
</p>
<div class="gmail_quote">Am 10.07.2014 13:56 schrieb "Bradley Lowekamp" <<a href="mailto:blowekamp@mail.nih.gov">blowekamp@mail.nih.gov</a>>:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hello,<br>
<br>
I think the itkLabelImageToAttributeImageFilter is what you are looking for.<br>
<br>
If you look at the test you can see how to use it:<br>
<a href="https://github.com/InsightSoftwareConsortium/ITK/blob/master/Modules/Filtering/LabelMap/test/itkLabelMapToAttributeImageFilterTest1.cxx" target="_blank">https://github.com/InsightSoftwareConsortium/ITK/blob/master/Modules/Filtering/LabelMap/test/itkLabelMapToAttributeImageFilterTest1.cxx</a><br>

<br>
Brad<br>
<br>
On Jul 10, 2014, at 5:54 AM, Michael Meuli <<a href="mailto:michael.meuli@gmail.com">michael.meuli@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> Hi,<br>
> I am using itk::BinaryImageToShapeLabelMapFilter<itk::Image< unsigned char, 3 >><br>
> For each object I get I'm calculating some mean value (below you can<br>
> see the relevant piece of code).<br>
> I would like to display these objects (bacteria) and color them<br>
> depending on that mean value in ParaView.<br>
> So I would like to write a freshly composed vtk file.<br>
> (In the end I have to count how many bacteria I have and how many of<br>
> them are digested within lysosomes.)<br>
><br>
> What would be the best way to do this? Could someone point be to some<br>
> more reading/examples?<br>
><br>
> Thanks a lot in advance,<br>
> best regards<br>
> Michael<br>
><br>
><br>
> BinaryImageToShapeLabelMapFilterType::Pointer<br>
> binaryImageToShapeLabelMapFilter =<br>
> BinaryImageToShapeLabelMapFilterType::New();<br>
> binaryImageToShapeLabelMapFilter->SetInput(binaryimage3Dbacteria);<br>
> binaryImageToShapeLabelMapFilter->Update();<br>
> unsigned int bacteriacount =<br>
> binaryImageToShapeLabelMapFilter->GetOutput()->GetNumberOfLabelObjects();<br>
> unsigned int colcount = 0;<br>
> for(unsigned int i = 0; i <<br>
> binaryImageToShapeLabelMapFilter->GetOutput()->GetNumberOfLabelObjects();<br>
> i++) {<br>
>   BinaryImageToShapeLabelMapFilterType::OutputImageType::LabelObjectType*<br>
> labelObject = binaryImageToShapeLabelMapFilter->GetOutput()->GetNthLabelObject(i);<br>
>   unsigned long long  pixelValue = 0;  //ImageType3D::PixelType<br>
> (16bit) was too short<br>
>   for(unsigned int pixelId = 0; pixelId < labelObject->Size(); pixelId++) {<br>
>     pixelValue += image3Dred->GetPixel( labelObject->GetIndex(pixelId) );<br>
>     }<br>
>   unsigned int mean = pixelValue / (labelObject->Size());<br>
>   std::cout << "Mean value in lysosomechannel of object " << i << ":<br>
> " << mean << std::endl;<br>
>   if ( mean > 100 ) {<br>
>     colcount++;<br>
>     }<br>
>   std::cout << std::endl;<br>
>   }<br>
> std::cout << "Total bacteria counted: " << bacteriacount << std::endl;<br>
> std::cout << "Bacteria colocalizing in lysosomechannel: " <<<br>
> colcount << std::endl;<br>
> _______________________________________________<br>
> Community mailing list<br>
> <a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/community</a><br>
<br>
</blockquote></div>