<div dir="ltr">Excellent!<div><br></div><div>Many thanks,</div><div>Devis</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 23 May 2014 15:25, Bradley Lowekamp <span dir="ltr"><<a href="mailto:blowekamp@mail.nih.gov" target="_blank">blowekamp@mail.nih.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hello,<div><br></div><div>You can use the ExtractImageFilter to get a 2D slice from a 3D image.</div>
<div><br></div><div>Brad</div><div><div class="h5"><div><br><div><div>On May 23, 2014, at 10:10 AM, devis peressutti <<a href="mailto:devis.peressutti@gmail.com" target="_blank">devis.peressutti@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Hi Brad,<div><br></div><div>Thanks for your reply. </div><div><br></div><div>You are right. The dimension is 3 with size 256x256x1.</div><div><br></div><div>What would you suggest to get the stack of slices?</div>

<div><br></div><div>Many thanks,</div><div>Devis</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 23 May 2014 14:55, Bradley Lowekamp <span dir="ltr"><<a href="mailto:blowekamp@mail.nih.gov" target="_blank">blowekamp@mail.nih.gov</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello,<br>
<br>
That filter is instantiated over all normal pixel types, but only for input's of 2D. Can you check what the dimensions is of your input images are? Sometimes a slice is actually a 3D image with one dimension of size 1.<br>


<br>
Brad<br>
<div><div><br>
On May 23, 2014, at 9:48 AM, devis peressutti <<a href="mailto:devis.peressutti@gmail.com" target="_blank">devis.peressutti@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
> Dear itk-users,<br>
><br>
> I'm using the JoinSeriesImageFilter in SimpleITK to stack a series of 2D slices into a 3D volume but I get the following exception thrown:<br>
><br>
> RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK JoinSeriesImageFilter_Execute:<br>
><br>
> /scratch/dashboards/SimpleITK-RHEL6-x86_64-pkg-py2.7/SimpleITK/Code/Common/include/sitkMemberFunctionFactory.hxx:180:<br>
><br>
> sitk::ERROR: Pixel type: 16-bit unsigned integer is not supported in 3D byN3itk6simple21JoinSeriesImageFilterE<br>
><br>
> I tried to cast the 2D images to other PixelType but got same result.<br>
><br>
> Any hint would be greatly appreciated.<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Devis<br>
><br>
><br>
</div></div>> _____________________________________<br>
> Powered by <a href="http://www.kitware.com/" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
><br>
> Visit other Kitware open-source projects at<br>
> <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
><br>
> Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
> <a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
><br>
> Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
> <a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
><br>
> Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
> <a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br>
</blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>