<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=windows-1252"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">Very interesting find, Ali.  Thanks.  Please keep us <div>informed of what you find.  It would be nice if a fix</div><div>could help us improve the general timing issues that </div><div>we’ve discussed previously with ITKv4.</div><div><br></div><div><br><div><div><br><div><div>On Apr 17, 2014, at 9:00 AM, Johnson, Hans J <<a href="mailto:hans-johnson@uiowa.edu">hans-johnson@uiowa.edu</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div>There was not supposed to be.  The intention was to do the minimal number of changes to allow the same results to occur in ITKv4 instead of ITKv3.  No new features or changes were specified.</div>
<div><br>
</div>
<div>Ali did this work, so he will need to double check, but upon quick review it looks like a simple refactoring from one framework to the other.</div>
<div><br>
</div>
<div>Hans</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family: Calibri; font-size: 11pt; text-align: left; border-width: 1pt medium medium; border-style: solid none none; padding: 3pt 0in 0in; border-top-color: rgb(181, 196, 223);">
<span style="font-weight:bold">From: </span>Nick Tustison <<a href="mailto:ntustison@gmail.com">ntustison@gmail.com</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Thursday, April 17, 2014 at 7:54 AM<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>Hans Johnson <<a href="mailto:hans-johnson@uiowa.edu">hans-johnson@uiowa.edu</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Cc: </span>ITK <<a href="mailto:insight-developers@itk.org">insight-developers@itk.org</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>Re: [ITK-dev] [ITK] Potential BSpline registration problems with ITKv4<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
Hans,
<div><br>
</div>
<div>Are there any implementation differences between the two testing</div>
<div>programs, e.g. different metric class versions?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,</div>
<div>Nick</div>
<div><br>
<div>
<div>On Apr 17, 2014, at 8:24 AM, Bradley Lowekamp <<a href="mailto:blowekamp@mail.nih.gov">blowekamp@mail.nih.gov</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;">
Hans,
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I have see a single per-pixel dynamic memory/malloc cause a 10X performance penalty.  Also I have found apple Instruments easy for diagnosing this bottle neck. This is one possibility among many.</div>
<div><br>
</div>
<div>Good luck tracking down the issue.</div>
<div><br>
</div>
<div>Brad</div>
<div><br>
<div>
<div>On Apr 16, 2014, at 9:10 PM, Johnson, Hans J <<a href="mailto:hans-johnson@uiowa.edu">hans-johnson@uiowa.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">
<div>FYI</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;">Ali Ghayoor did the following experiments on "BRAINSFitTest_BSplineScaleRotationRescaleHeadMasks" test.</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;"><br>
</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;">1) In one of my old build directories, I ran the "BRAINSFitTest_BSplineScaleRotationRescaleHeadMasks" test in BRIANSFitv3 (that uses ITKv3 registration framework). The test was passed successfully in both
 release and debug types, and it took:</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;"><br>
</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;">22 second in release</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;">88 second in debug</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;"><br>
</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;">2) I built NAMICExternalProject on my system in release type and ran the above BSpline test in BRAINSTools. The test was passed successfully again, but the run time in ITKv4 is tremendously longer than the
 time that test takes in ITKv3. The test took:</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;"><br>
</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;">18 minutes using 4 cores</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;">22 minutes using 1 core (In this case the environmental variable "NSLOTS" is set to 1).</div>
</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;"><br>
</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;">==================================</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;">Basically trying to replicate in ITKv4 the same registration processes of ITKv3.</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;"><br>
</div>
<div style="font-family: Consolas; font-size: 12px;">Hans</div>
<br>
<br>
<hr>
Notice: This UI Health Care e-mail (including attachments) is covered by the Electronic Communications Privacy Act, 18 U.S.C. 2510-2521, is confidential and may be legally privileged.  If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any
 retention, dissemination, distribution, or copying of this communication is strictly prohibited.  Please reply to the sender that you have received the message in error, then delete it.  Thank you.
<hr>
</div>
_______________________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com/">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://kitware.com/products/protraining.php">http://kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-developers">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-developers</a><br>
_______________________________________________<br>
Community mailing list<br>
<a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com/">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://kitware.com/products/protraining.php">http://kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-developers">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-developers</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</span><br>
<br>
<hr>
Notice: This UI Health Care e-mail (including attachments) is covered by the Electronic Communications Privacy Act, 18 U.S.C. 2510-2521, is confidential and may be legally privileged.  If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any
 retention, dissemination, distribution, or copying of this communication is strictly prohibited.  Please reply to the sender that you have received the message in error, then delete it.  Thank you.
<hr>
</div>

</blockquote></div><br></div></div></div></body></html>