<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi guys,<br><br></div>I started taking a look at the watershed and might indeed do the work. Due to my inexperience though, finding the marker seems a less trivial problem than what Dan mentions as not so difficult.<br>
<br></div>The problem is that somehow, i was trying to avoid skeletonization (i will need later to compare my results to a similar dataset analyzed in a different way that is centered on skeletonization). Do you happen to have any idea on how to get those markers otherwise?<br>
<br></div>And should I go for the skeletonization (should it be the only solution, i might have to) wouldn't the skeleton of the touching fibres be detected a single skeleton? Also, what ITK algorithm would you best suggest should it be needed to skeletonize a dataset like this one?<br>
<br></div><div>Thanks and sorry for the possible naivety of some of my questions!<br><br></div><div>Best,<br></div><div>Emiliano<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-03-14 9:52 GMT+02:00 Emiliano Pastorelli <span dir="ltr"><<a href="mailto:emiliano.pastorelli@gmail.com" target="_blank">emiliano.pastorelli@gmail.com</a>></span>:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi guys,<br>
<br>
thanks, there's quite some material to chew on there, i'll take a look at it today in the office. The whole process for me needs to be somehow automatized from the beginning to the end to achieve what i need, so the user will only have to specify the fibres size and length and no manual thresholding.<br>

<br>
Thanks, i'll get back to you if I have further problems!<br>
<br>
Best,<br>
Emiliano<br>
<br>
Il 14/03/14 03:13, Bradley Lowekamp ha scritto:<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hello,<br>
<br>
You may also find this SimpleITK IPython Notebook which used the this suggested watershed approach to separate some coins:<br>
<a href="http://simpleitk.github.io/SimpleITK-Notebooks/32_Watersheds_Segmentation.html" target="_blank">http://simpleitk.github.io/<u></u>SimpleITK-Notebooks/32_<u></u>Watersheds_Segmentation.html</a><br>
<br>
Also SimpleITK from Python may be a useful way to easily explore the many algorithms and infinite number of combinations available from ITK.<br>
<br>
Brad<br>
<br>
On Mar 13, 2014, at 5:37 PM, Dan Mueller <<a href="mailto:dan.muel@gmail.com" target="_blank">dan.muel@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Emiliano,<br>
<br>
One possibility might be to use the mathematical watershed algorithm<br>
to binary segment the fibres and separate touching labels.<br>
<br>
See here:<br>
<a href="http://www.insight-journal.org/browse/publication/92" target="_blank">http://www.insight-journal.<u></u>org/browse/publication/92</a><br>
<br>
and here:<br>
<a href="http://www.vincent-net.com/luc/papers/96semstats_morpho_topics.pdf" target="_blank">http://www.vincent-net.com/<u></u>luc/papers/96semstats_morpho_<u></u>topics.pdf</a> (pg 44)<br>
<br>
This would essentially reduce your problem to find a good "marker" for<br>
each fibre. In your case this should not be too difficult, as the<br>
skeleton of each fibre should suffice (i.e. the skeletons will not<br>
overlap).<br>
<br>
Good luck.<br>
<br>
Cheers, Dan<br>
<br>
On 13 March 2014 23:16, Emiliano Pastorelli<br>
<<a href="mailto:emiliano.pastorelli@gmail.com" target="_blank">emiliano.pastorelli@gmail.com</a><u></u>> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi All,<br>
<br>
i'm quite new to ITK, and i'm trying to manipulate a 3d volume image<br>
representing some fibres floating in a block of concrete. Due to the<br>
scanning inaccuracies, some of them actually seem to "touch", also when they<br>
wouldn't be touching in the real dataset.<br>
<br>
I tried to separate them in every way, through the Frangi Vesselness<br>
filters, and another bunch of attempts, but i don't seem to find a way to do<br>
it reasonably quickly and smartly.<br>
<br>
<a href="http://www.kyb3.org/images/touchingFibres.png" target="_blank">http://www.kyb3.org/images/<u></u>touchingFibres.png</a><br>
<br>
in the picture, exactly in the center you see an example of how the touching<br>
area usually looks like (the dataset is already divide in labeled regions as<br>
label map as well).<br>
I am pretty sure that some filter can do that, but for example i was taking<br>
a look at the connectedthresholdimagefilter and i couldn't really figure out<br>
if that's what i need, and in that case how i shall use the seeds (my<br>
software shall become flexible enough to deal with really similar in shapes<br>
but different in distribution, alignment and contact points datasets).<br>
<br>
Does anybody have any idea that might spare me another couple of endless<br>
days like the last ones?<br>
<br>
Thanks in advance,<br>
Emiliano<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Community mailing list<br>
<a href="mailto:Community@itk.org" target="_blank">Community@itk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community" target="_blank">http://public.kitware.com/cgi-<u></u>bin/mailman/listinfo/community</a><br>
</blockquote>
______________________________<u></u>_________________<br>
Community mailing list<br>
<a href="mailto:Community@itk.org" target="_blank">Community@itk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community" target="_blank">http://public.kitware.com/cgi-<u></u>bin/mailman/listinfo/community</a><br>
</blockquote></blockquote>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>