<div dir="ltr">Hi Jaume,<div><br></div><div>This example that uses the BinaryMask3DMeshSource [1] may help.</div><div><br></div><div>A binary input can be smoothed before surface extraction as shown here [2].</div><div><br>
</div><div>A mesh can be written to a file as shown here [3].</div><div><br></div><div>To transfer the image in memory to VTK, use the ImageToVTKImageFilter from VtkGlue module [4].</div><div><br></div><div>Hope this helps,</div>
<div>Matt</div><div><br></div><div>[1] <a href="http://itk.org/gitweb?p=ITK.git;a=blob;f=Examples/Filtering/SurfaceExtraction.cxx;h=ffb4ab6095e94f6b4ee67fb1d1a15bb00c0a4a44;hb=HEAD">http://itk.org/gitweb?p=ITK.git;a=blob;f=Examples/Filtering/SurfaceExtraction.cxx;h=ffb4ab6095e94f6b4ee67fb1d1a15bb00c0a4a44;hb=HEAD</a></div>
<div><br></div><div>[2] <a href="http://itk.org/ITKExamples/src/Filtering/AntiAlias/SmoothBinaryImageBeforeSurfaceExtraction/Documentation.html">http://itk.org/ITKExamples/src/Filtering/AntiAlias/SmoothBinaryImageBeforeSurfaceExtraction/Documentation.html</a></div>
<div><br></div><div>[3] <a href="http://itk.org/ITKExamples/src/Filtering/FastMarching/ComputeGeodesicDistanceOnMesh/Documentation.html?highlight=meshfilewriter">http://itk.org/ITKExamples/src/Filtering/FastMarching/ComputeGeodesicDistanceOnMesh/Documentation.html?highlight=meshfilewriter</a></div>
<div><br></div><div>[4] <a href="http://itk.org/Wiki/ITK/Examples/IO/ImageToVTKImageFilter">http://itk.org/Wiki/ITK/Examples/IO/ImageToVTKImageFilter</a></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On Tue, Feb 25, 2014 at 8:59 AM, Jaume Sastre Tomąs <span dir="ltr"><<a href="mailto:jaumesastretomas@gmail.com" target="_blank">jaumesastretomas@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Dear Luis and others developers of ITK,<br><div><br></div><div>I have a 3D .tiff file that contains 550 slices and I am trying to extract an isosurface using Meshes and ITK.</div>

<div><br></div><div><br></div>
<div>I've tried with BinaryMask3DMeshSource but I'm obtaining Nodes = 0 and Cells = 0.</div><div><br></div><div><br></div><div>How is the best way to do it? </div><div><br></div><div><br></div><div>Read in ITK and convert to VTK? How?</div>


<div><br></div><div><br></div><div>I am not able to save the mesh to a file, how can I do it?</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks a lot for your help.</div><div><br></div><div><br></div><div>Regards</div><span><font color="#888888"><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>

<br>
</div><div><br></div><div>Jaume</div></font></span><div><br></div><div><br></div><div>PS: I can add the my code in case you need</div></font></span></div>
</div><br></div>
<br>_____________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br>_______________________________________________<br>
Community mailing list<br>
<a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community" target="_blank">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>