<div dir="ltr">Hi Tina,<div><br></div><div>Yes, the BSplineDeformableTransform can manage local deformations.</div><div><br></div><div>The parameters of the Transform are the components of the displacement vectors</div><div>
at every node of the BSpline Grid.</div><div><br></div><div>You can define the BSpline Grid to cover a small region of the image.</div><div>This is done by setting the Origin, Direction and Spacing of the Grid</div><div>according to the physical coordinates that you want to cover.</div>
<div><br></div><div>For example, </div><div><br></div><div>if you have an image of 300x400 pixels, with spacing of</div><div>2mmx3mm, with origin at 10mm,30mm, </div><div><br></div><div>and you want to cover the upper quarter of the image. </div>
<div>(note that ITK coordinates have Y+ aimed at the up direction). </div><div><br></div><div>you can define the BSpline Grid to have origin at:</div><div><br></div><div>X = 10mm + ( 300 / 2 ) * 2mm = 310mm</div><div>Y = 30mm + ( 400 / 2 ) * 3mm = 630mm</div>
<div><br></div><div>and if you want to match one BSpline Grid node to 5x5 pixels </div><div>region in the image then the Grid spacing would be:</div><div><br></div><div>Sx = 5 x 2mm = 10mm</div><div>Sy = 5 x 3mm = 15mm</div>
<div><br></div><div>and the size of the BSpline Grid should have a number of nodes</div><div><br></div><div>Nx = ( 300 - 1 ) * 2mm / Sx = 299 * 2 / 10 ~= 60</div><div>Ny = ( 400 - 1 ) * 3mm / Sy = 399 * 3 / 15 ~= 80</div>
<div><br></div><div><br></div><div>All this is assuming the simple case in which the direction of the </div><div>image is an identity matrix.</div><div><br></div><div>If that is not the case, then the  best way to find all these </div>
<div>parameters is to use the TransformIndexToPhysicalPoint</div><div>method of the image, and to feed it with the Index locations</div><div>of the nodes in the image that you want to be the corners of</div><div>the BSpline region.</div>
<div><br></div><div>Take also into account that, you need to add one extra </div><div>BSpline Grid node around the region that you are deforming</div><div>(if you are using  Cubic BSpline).</div><div><br></div><div><br></div>
<div>The BSplineDeformable transform does not have landmarks per se,</div><div>but one could argue that in fact all the nodes of the BSpline grid</div><div>are equivalent to landmarks, since the provide anchors for the</div>
<div>deformation values.</div><div><br></div><div>In all this process, it is very very helpful to sketch the grid of </div><div>your image in a piece of paper and add to it physical values</div><div>of origin, spacing...etc.  In this way you can follow the computation</div>
<div>of all the parameters in the BSpline grid.</div><div><br></div><div><br></div><div>   Hope this helps,</div><div><br></div><div><br></div><div>         Luis</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Dec 26, 2013 at 8:14 PM, 冯婷婷 <span dir="ltr"><<a href="mailto:fttfzzx227@126.com" target="_blank">fttfzzx227@126.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="line-height:1.7;font-size:14px;font-family:arial">Hi,<div>I'm using itkBSplineDeformableTransform to implement a local deformable transform of an image in order to get a moving image with local deformation. I havetwo questions about this class,can anybody help me with these?</div>
<div><br></div><div>(1) Can itkBSplineDeformableTransform achieve the goal of local deformation?How can I implement this?Can I set the origin to the local place and set the origin only a local region?</div><div>(2)What does the parameters mean ,are they the landmark or else?If I want to write a new parameter file on my own ,can anybody give me a model to follow or specify the meaning for me ?</div>
<div>Any help would be appreciated ,many thanks!</div><div><br></div><div>Best regards! </div><div>Tina</div><div><br></div></div><br><br><span title="neteasefooter"><span></span></span><br>_____________________________________<br>

Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at<br>
<a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Kitware offers ITK Training Courses, for more information visit:<br>
<a href="http://www.kitware.com/products/protraining.php" target="_blank">http://www.kitware.com/products/protraining.php</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ITK FAQ at:<br>
<a href="http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ" target="_blank">http://www.itk.org/Wiki/ITK_FAQ</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users" target="_blank">http://www.itk.org/mailman/listinfo/insight-users</a><br>
<br>_______________________________________________<br>
Community mailing list<br>
<a href="mailto:Community@itk.org">Community@itk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community" target="_blank">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/community</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>