KWStyle - itkLandmarkBasedTransformInitializer.h

Matrix View

Description

---

1		/*=========================================================================
2
3		Program:   Insight Segmentation & Registration Toolkit
4		Module:    $RCSfile: itkLandmarkBasedTransformInitializer.h.html,v $
5		Language:  C++
6		Date:      $Date: 2006/01/17 19:15:40 $
7		Version:   $Revision: 1.4 $
8
9		Copyright (c) Insight Software Consortium. All rights reserved.
10		See ITKCopyright.txt or http://www.itk.org/HTML/Copyright.htm for details.
11
12		This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
13		the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
14		PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
15
16		=========================================================================*/
17
18		#ifndef __itkLandmarkBasedTransformInitializer_h
19		#define __itkLandmarkBasedTransformInitializer_h
20
21		#include "itkObject.h"
22		#include "itkObjectFactory.h"
23		#include "itkVersorRigid3DTransform.h"
24		#include "itkRigid2DTransform.h"
25		#include <vector>
26		#include <iostream>
27
28		namespace itk
29		{
30
31		/** \brief LandmarkBasedTransformInitializer is a helper class intended to
32		* The class computes the transform that aligns the fixed and moving images
33		* given a set of landmarks. The class is templated over the Transform type.
34		*    The transform computed gives the best fit transform that maps the fixed
35		* and moving images in a least squares sense. The indices are taken to
36		* correspond, so point 1 in the first set will get mapped close to point
37		* 1 in the second set, etc. An equal number of fixed and moving landmarks
38		* need to be specified using SetFixedLandmarks() SetMovingLandmarks().
39		* Any number of landmarks may be specified.
40		* Call InitializeTransform() to initialize the transform.
41		*
42		* Currently, the  following transforms are supported by the class:
43		*    VersorRigid3DTransform
44		*    Rigid2DTansform
45		*
46		* The class is based in part on Hybrid/vtkLandmarkTransform originally
47		* implemented in python by David G. Gobbi.
48		*
49		* The solution is based on
50		* Berthold K. P. Horn (1987), "Closed-form solution of absolute orientation
51		* using unit quaternions,"
52		* http://people.csail.mit.edu/bkph/papers/Absolute_Orientation.pdf
53		*
54		*
55		* \ingroup Transforms
56		*/
57		template < class TTransform,
58		class TFixedImage,
59		class TMovingImage >
60	MCM	class ITK_EXPORT LandmarkBasedTransformInitializer :
61	IND	************public Object
62		{
63		public:
64		/** Standard class typedefs. */
65		typedef LandmarkBasedTransformInitializer     Self;
66	TDA	typedef Object                           Superclass;
67	TDA	typedef SmartPointer<Self>               Pointer;
68	TDA	typedef SmartPointer<const Self>         ConstPointer;
69
70		/** New macro for creation of through a Smart Pointer. */
71		itkNewMacro( Self );
72
73		/** Run-time type information (and related methods). */
74		itkTypeMacro( LandmarkBasedTransformInitializer, Object );
75
76		/** Type of the transform to initialize */
77		typedef TTransform                        TransformType;
78		typedef typename TransformType::Pointer   TransformPointer;
79
80		/** Dimension of parameters. */
81	LEN	itkStaticConstMacro(InputSpaceDimension, unsigned int, TransformType::InputSpaceDimension);
82	LEN	itkStaticConstMacro(OutputSpaceDimension, unsigned int, TransformType::OutputSpaceDimension);
83
84		/** Set the transform to be initialized */
85		itkSetObjectMacro( Transform,   TransformType   );
86
87		/** Image Types to use in the initialization of the transform */
88		typedef   TFixedImage              FixedImageType;
89		typedef   TMovingImage             MovingImageType;
90
91		typedef   typename FixedImageType::ConstPointer   FixedImagePointer;
92		typedef   typename MovingImageType::ConstPointer  MovingImagePointer;
93
94
95		/** \deprecated
96		* Set the fixed image.
97		* The method really doesn't do anything. The goal of this class is to compute
98		* the optimal transform, for the templated TransformType between the fixed
99		* and moving image grid, given a set of landmarks. Nothing is done with the
100		* images themselves. The method will therefore be deprecated and removed */
101		void SetFixedImage( const FixedImageType * image )
102		{
103		this->m_FixedImage = image;
104		itkLegacyBody( SetFixedImage, 2.2 );
105		}
106
107
108		/** \deprecated
109		* Set the moving image.
110		* The method really doesn't do anything. The goal of this class is to compute
111		* the optimal transform, for the templated TransformType between the fixed
112		* and moving image grid, given a set of landmarks. Nothing is done with the
113		* images themselves. The method will therefore be deprecated and removed. */
114		void SetMovingImage( const MovingImageType * image )
115		{
116		this->m_MovingImage = image;
117		itkLegacyBody( SetMovingImage, 2.2 );
118		}
119
120
121		/** Determine the image dimension. */
122	LEN	itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, FixedImageType::ImageDimension );
123
124		/** Convenience typedefs */
125		typedef typename TransformType::InputPointType   InputPointType;
126	TDA	typedef typename TransformType::OutputVectorType  OutputVectorType;
127	LEN,TDA	typedef Point< double, itkGetStaticConstMacro(ImageDimension) > LandmarkPointType;
128	TDA	typedef std::vector< LandmarkPointType >              LandmarkPointContainer;
129		typedef typename
130	LEN,TDA,IND	**********LandmarkPointContainer::const_iterator        PointsContainerConstIterator;
131	TDA	typedef typename TransformType::ParametersType ParametersType;
132	TDA	typedef typename ParametersType::ValueType     ParameterValueType;
133
134
135
136		/** Set the Fixed landmark point containers */
137		void SetFixedLandmarks(LandmarkPointContainer & fixedLandmarks)
138		{
139		this->m_FixedLandmarks = fixedLandmarks;
140		}
141
142		/** Set the Moving landmark point containers */
143		void SetMovingLandmarks(LandmarkPointContainer & movingLandmarks)
144		{
145		this->m_MovingLandmarks = movingLandmarks;
146		}
147
148
149		/**  Supported Transform typedefs */
150		typedef VersorRigid3DTransform< ParameterValueType >
151	IND	****************************************VersorRigid3DTransformType;
152	TDA	typedef Rigid2DTransform< ParameterValueType > Rigid2DTransformType;
153
154		/** Initialize the transform from the landmarks */
155	SEM	virtual void InitializeTransform() ;
156
157
158		protected:
159		LandmarkBasedTransformInitializer();
160		~LandmarkBasedTransformInitializer(){};
161
162		void PrintSelf(std::ostream &os, Indent indent) const;
163
164		// Supported Transform types
165		typedef enum{
166		VersorRigid3Dtransform=1,
167		Rigid2Dtransfrom,
168		Else
169	IND	**}InputTransformType;
170
171		private:
172		LandmarkBasedTransformInitializer(const Self&); //purposely not implemented
173		void operator=(const Self&); //purposely not implemented
174
175		FixedImagePointer   m_FixedImage;
176		MovingImagePointer  m_MovingImage;
177
178		LandmarkPointContainer m_FixedLandmarks;
179		LandmarkPointContainer m_MovingLandmarks;
180
181		TransformPointer    m_Transform;
182
183		}; //class LandmarkBasedTransformInitializer
184
185
186		}  // namespace itk
187
188
189		#ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
190		#include "itkLandmarkBasedTransformInitializer.txx"
191		#endif
192
193		#endif /* __itkLandmarkBasedTransformInitializer_h */
194

---

Generated by KWStyle 1.0b on Tuesday January,17 at 02:14:18PM

© Kitware Inc.