KWStyle - itkCoreAtomImageToDistanceMatrixProcess.txx
 
Matrix View
Description
1 /*=========================================================================
2
3   Program:   Insight Segmentation & Registration Toolkit
4   Module:    $RCSfile: itkCoreAtomImageToDistanceMatrixProcess.txx.html,v $
5   Language:  C++
6   Date:      $Date: 2006/01/17 19:15:34 $
7   Version:   $Revision: 1.4 $
8
9   Copyright (c) Insight Software Consortium. All rights reserved.
10   See ITKCopyright.txt or http://www.itk.org/HTML/Copyright.htm for details.
11
12      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even 
13      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
15
16 =========================================================================*/
17
18 #ifndef __itkCoreAtomImageToDistanceMatrixProcess_txx
19 #define __itkCoreAtomImageToDistanceMatrixProcess_txx
20
21 #include "itkCoreAtomImageToDistanceMatrixProcess.h"
22
23 namespace itk
24 {
25
26 /**
27 IND * Default Constructor.  Initializes outputs for the process object.
28 IND */
29 template< typename TSourceImage >
30 CoreAtomImageToDistanceMatrixProcess< TSourceImage >
31 ::CoreAtomImageToDistanceMatrixProcess()
32 {
33 LEN   itkDebugMacro(<< "itkCoreAtomImageToDistanceMatrixProcess::itkCoreAtomImageToDistanceMatrixProcess() called");
34
35   // Setting the output.
36   DistanceMatrixPointer output;
37 LEN   output = static_cast<typename CoreAtomImageToDistanceMatrixProcess::DistanceMatrixType*>(this->MakeOutput(0).GetPointer()); 
38   this->ProcessObject::SetNumberOfRequiredOutputs(1);
39   this->ProcessObject::SetNthOutput(0, output.GetPointer());
40 }
41
42 /**
43  * Returns a pointer to the output cast as a Data Object.
44  */
45 template< typename TSourceImage >
46 typename CoreAtomImageToDistanceMatrixProcess< TSourceImage >::DataObjectPointer
47 CoreAtomImageToDistanceMatrixProcess< TSourceImage >
48 ::MakeOutput(unsigned int)
49 {
50   return static_cast<DataObject*>(DistanceMatrixType::New().GetPointer());
51 }
52
53 /**
54  * Standard GetOutput
55  */
56 template< typename TSourceImage >
57 LEN typename CoreAtomImageToDistanceMatrixProcess< TSourceImage >::DistanceMatrixType*
58 CoreAtomImageToDistanceMatrixProcess< TSourceImage >
59 ::GetOutput()
60 {
61   if (this->GetNumberOfOutputs() < 1)
62     {
63     return 0;
64     }
65   return static_cast< DistanceMatrixType * >
66 IND *********************(this->ProcessObject::GetOutput(0));
67 }
68
69 /**
70  * Sets the core atom image input.
71  */
72 template< typename TSourceImage >
73 void
74 CoreAtomImageToDistanceMatrixProcess< TSourceImage > 
75 ::SetInput1(const TSourceImage * image1 ) 
76 {
77 LEN   itkDebugMacro(<< "itkCoreAtomImageToDistanceMatrixProcess: Setting core atom image");
78   // Process object is not const-correct so the const casting is required.
79   SetNthInput(0,  const_cast<TSourceImage *>( image1 ) );
80 }
81
82 /**
83  * Get the core atom image
84  */
85 template< typename TSourceImage >
86 TSourceImage *
87 CoreAtomImageToDistanceMatrixProcess< TSourceImage >
88 ::GetInput1() 
89 {
90   // Process object is not const-correct so the const casting is required.
91   return const_cast<TSourceImage *>(this->GetNthInput(0));
92 }
93
94 /**
95  * 
96  */
97 template< typename TSourceImage >
98 void
99 CoreAtomImageToDistanceMatrixProcess< TSourceImage >
100 ::GenerateData()
101 {
102 LEN   itkDebugMacro(<< "itkCoreAtomImageToDistanceMatrixProcess::GenerateData() called");
103
104   // Pointers to the core atom images, output matrix object.
105 LEN   m_CoreAtomImage = dynamic_cast<CoreAtomImageType*>(ProcessObject::GetInput(0));
106 LEN   m_DistanceMatrix = dynamic_cast<DistanceMatrixType*>(ProcessObject::GetOutput(0));
107
108   // Get the number of medial nodes in the core atom image.
109   m_NumberOfNodes = m_CoreAtomImage->GetMedialNodeCount();
110
111   // Resize the distance matrix
112   if(m_DistanceMatrix->set_size(m_NumberOfNodes,m_NumberOfNodes))
113     {
114     itkDebugMacro(<< "m_DistanceMatrix resized successfully");
115     }
116   else
117     {
118     itkDebugMacro(<< "m_DistanceMatrix resize failed");
119     assert(0);
120     }
121 LEN   itkDebugMacro(<< "CoreAtomImageToDistanceMatrixProcess::GenerateData(): Matrix Size: " << m_NumberOfNodes << " x " << m_NumberOfNodes);
122
123   // Create iterator that will walk the blox core atom image.
124   typedef itk::ImageRegionIterator<CoreAtomImageType> BloxIterator;
125
126   BloxIterator bloxIt = BloxIterator(m_CoreAtomImage,
127                                       m_CoreAtomImage->GetRequestedRegion() );
128
129   BloxIterator bloxIt2 = BloxIterator(m_CoreAtomImage,
130                                       m_CoreAtomImage->GetRequestedRegion() );
131
132   // Pointer for accessing pixel.
133   MedialNodeType* pPixel1;
134   MedialNodeType* pPixel2;
135
136   // Local variables.
137   PositionType DistanceVector;
138   PositionType Location1;
139   PositionType Location2;
140   double distance;
141   int counter1 = 0;
142   int counter2 = 0;
143
144   // Iterate through nodes in the core atom image.
145   for ( bloxIt.GoToBegin(); !bloxIt.IsAtEnd(); ++bloxIt)
146     {
147     pPixel1 = &bloxIt.Value();
148
149     if( pPixel1->empty() )
150 IND ******continue;
151
152     for ( bloxIt2.GoToBegin(); !bloxIt2.IsAtEnd(); ++bloxIt2)
153       {
154       pPixel2 = &bloxIt2.Value();
155
156       if( pPixel2->empty() )
157 IND ********continue;
158
159       // Get distance between pPixel1 and pPixel2.
160       Location1 = pPixel1->GetVotedLocation();
161       Location2 = pPixel2->GetVotedLocation();
162
163       DistanceVector[0] = Location1[0] - Location2[0];
164       DistanceVector[1] = Location1[1] - Location2[1];
165       DistanceVector[2] = Location1[2] - Location2[2];
166
167 LEN       distance = sqrt( pow((double)DistanceVector[0],2.0) + pow((double)DistanceVector[1],2.0) + pow((double)DistanceVector[2],2.0) );
168
169       m_DistanceMatrix->put(counter1,counter2,distance);
170   
171       counter2++;
172       }
173     counter2 = 0;
174     counter1++;
175     }
176   itkDebugMacro(<< "Finished CoreAtomImageToDistanceMatrixProcess\n");
177 }
178
179 /**
180  * Print Self
181  */
182 template< typename TSourceImage >
183 void
184 CoreAtomImageToDistanceMatrixProcess< TSourceImage >
185 ::PrintSelf(std::ostream& os, Indent indent) const
186 {
187   Superclass::PrintSelf(os,indent);
188 }
189
190 } // end namespace
191
192 #endif
193
Generated by KWStyle 1.0b on Tuesday January,17 at 02:14:03PM
© Kitware Inc.